Theo đó, tại khoản 5, Điều 4 của Nghị định 36 yêu cầu đến ngày 31/12/2015, các cơ sở nuôi cá Tra thương phẩm phải áp dụng và được chứng nhận thực hành nuôi trồng thủy sản tốt theo VietGAP hoặc chứng chỉ quốc tế phù hợp quy định của pháp luật Việt Nam.
Tuy nhiên, đến nay cả nước mới có gần 50% diện tích nuôi cá tra ứng dụng và được chứng nhận thực hành nuôi trồng thủy sản tốt (GAP). Nguyên nhân là do một số tỉnh chậm hoàn thành việc rà soát, phê duyệt quy hoạch chi tiết nuôi, chế biến cá tra ở địa phương nên ảnh hưởng đến tiến độ cấp mã số ao nuôi, xác nhận đăng ký nuôi cá tra thương phẩm, ứng dụng và chứng nhận quy phạm thực hành nuôi trồng thủy sản tốt (VietGAP).
Đồng thời, cũng gây khó khăn cho việc quản lý diện tích nuôi, sản lượng nuôi cá tra trong toàn vùng và ảnh hưởng đến hiệu quả xác nhận đăng ký hợp đồng xuất khẩu cá tra.
Bộ Nông nghiệp và PTNT cho rằng cần thêm thời gian để các cơ sở nuôi áp dụng và được chứng nhận GAP. Do đó, Bộ đề xuất Thủ tướng Chính phủ sửa đổi quy định tại khoản 5, Điều 4 của Nghị định 36. Cụ thể, lùi thời gian các cơ sở nuôi cá tra thương phẩm phải áp dụng và được chứng nhận thực hành nuôi trồng thủy sản tốt VietGAP hoặc các chứng nhận quốc tế tương đương đến ngày 31/12/2016.