Theo báo cáo tại Hội nghị, do ảnh hưởng tình hình dịch bệnh trên tôm năm 2012 và diễn biến thời tiết đầu 2013 có nhiều bất lợi nên những tháng đầu năm 2013 nông dân thả nuôi tôm cầm chừng. Đến giữa năm, giá tôm nguyên liệu tăng nên người nuôi đã tăng vụ, tăng diện tích nuôi và thu được hiệu quả cao. Nhờ chủ động phòng chống dịch bệnh nên tổng diện tích dịch bệnh trên tôm nuôi của cả nước trong 10 tháng năm 2013 chỉ bằng khoảng 53,6% so với cùng kỳ năm 2012. Đến cuối tháng 10-2013, diện tích thả nuôi tôm cả nước đã đạt 100% kế hoạch năm với hơn 650 ngàn ha; sản lượng thu hoạch hơn 396,9 ngàn tấn, tăng hơn 38% so với cùng kỳ.
Theo Tổng cục Thủy sản, trong 10 tháng đầu năm 2013, dịch bệnh hoại tử gan tụy cấp tính trên tôm đã xuất hiện tại 192 xã của 57 huyện thuộc 18 tỉnh, thành phố trong phạm vi cả nước. Tổng diện tích nuôi tôm có bệnh là 5.705 ha, ba gồm 2.424 ha nuôi tôm thẻ và 3.282 ha nuôi tôm sú. Dịch bệnh hoại tử gan tụy cấp tính năm 2013 xảy ra ở nhiều địa phương hơn (nhiều xã, huyện, tỉnh), nhưng tổng diện tích bị bệnh thấp hơn rất nhiều, ước tính chỉ bằng khoảng 1/5 so với cùng kỳ năm 2012 . Dịch bệnh đốm trắng trên tôm đã xuất hiện tại 278 xã của 93 huyện thuộc 28 tỉnh, thành phố trong phạm vi cả nước. Tổng diện tích nuôi trồng thủy sản có bệnh là 12.242 ha, bao gồm 6.917 ha nuôi tôm thẻ chân trắng và 10.929 ha nuôi tôm sú. So với 10 tháng đầu năm 2012, dịch bệnh đốm trắng trên tôm nuôi tăng 4.085 ha. Số lượng xã, huyện, tỉnh có dịch cũng tăng so với cùng kỳ năm 2012.
Từ đầu năm đến nay, các dịch bệnh trên tôm hùm chủ yếu xảy ra như bệnh sữa, bệnh đen mang, đỏ thân và gần đây xuất hiện bệnh mới làm tôm bị rụng chân. Cụ thể tại Phú Yên khoảng 15% số lồng có tôm bị bệnh; Bình Định khoảng 3,5% số lồng; và tại Khánh Hòa có khoảng 11% số lồng tôm bị bệnh. Tại Khánh Hòa , từ tháng 7/2012 đến nay tôm hùm bị bệnh với các dấu hiệu lạ như: tôm bị thối chân, rụng chân (chân tôm ban đầu sưng to, tổn thương, hoại tử có mùi thối); quan sát bằng mắt thường thấy có rất nhiều sinh vật nhỏ ký sinh. Số lượng tôm bị bệnh nhiều vào các tháng 5-6/2013, với số lượng từ 5-15 tôm bệnh/lồng (mật độ nuôi khoảng 70-80 con/lồng). Hiện nay, tình hình dịch bệnh đã giảm nhiều. Kết quả phân tích xét nghiệm ban đầu cho thấy sự xuất hiện nhiều tác nhân như nấm Fusarium Vibrio alginolyticus và V. Vulnificus, ký sinh trùng thuộc ngành trùng lông bơi Ciliphora. Tuy nhiên, để xác định rõ nguyên nhân gây bệnh, Cục Thú y đã chỉ đạo Trung tâm Chuẩn đoán Thú y Trung ương và Cơ quan Thú y vùng VI lấy mẫu xét nghiệm trong nước, đồng thời gửi mẫu đi nước ngoài để phân tích tìm nguyên nhân gây bệnh
Nhìn chung, dịch bệnh trên tôm trong 10 tháng đầu năm 2013 giảm nhiều so với cùng kỳ năm 2012. Nhiều người nuôi tôm đã có những đầu tư thỏa đáng, theo hướng thâm canh, công nghiệp, do đó dễ dàng cho việc quản lý và xử lý môi trường nước, cũng như việc xử lý các chất thải trong quá trình nuôi. Đồng thời, nhiều người nuôi cũng có ý thức phòng chống dịch bệnh, sử dụng con giống, thuốc thú y, thức ăn có nguồn gốc rõ ràng, áp dụng kỹ thuật khoa học trong nuôi thủy sản. Chính quyền và các cơ quan chuyên môn của một số địa phương đã có những đầu tư, chỉ đạo và hường dẫn sản xuất, phòng chống dịch bệnh. Vì vậy, việc nuôi trồng thủy sản nói chung và nuôi tôm nói riêng trong 10 tháng đầu năm 2013 đã có chiều hướng phát triển tích cực, sản lượng tăng so với cùng kỳ năm 2012. Bên cạnh giá thủy sản, nhất là giá tôm tăng cao, trong khi dịch bệnh giảm, nên người nuôi tôm có lãi. Trong các tháng gần đây, các bệnh chỉ xuất hiện rải rác ở một số tỉnh, diện tích bệnh giữa các tháng không có biến động nhiều. Nguyên nhân là do hiện nay đã vào mùa mưa, vụ nuôi chính đã kết thúc, chỉ còn một số vùng nuôi chưa thu hoạch nên còn xuất hiện bệnh; và tốc độ lây lan của bệnh hoại tử gan tụy cấp tính giữa các ao nuôi tôm không mạnh và nhanh như bệnh đốm trắng. Tuy nhiên, mùa vụ nuôi tôm chính sắp bắt đầu, việc quản lý môi trường nước nuôi còn nhiều hạn chế, nhiều bất cập trong công tác thú y thủy sản tại các địa phương, cùng với thời tiết thay đổi, do đó dịch bệnh sẽ tiếp tục phát sinh mạnh khi diện tích nuôi tăng lên. Vì vậy, các địa phương cần khẩn trương lập kế hoạch phòng chống dịch bệnh (đặc biệt là việc giám sát và dự báo dịch bệnh), lịch thả nuôi cho vụ nuôi tiếp theo nhằm đảm bảo chủ động, nhanh chóng, kịp thời và hiệu quả trong việc phòng chống dịch bệnh. Bên cạnh đó, triển khai việc hướng dẫn người nuôi thực hiện đồng bộ các biện pháp phòng chống dịch bệnh trên tôm, tăng cường công tác tập huấn, tuyên truyền cho người dân về bệnh, các quy định trong công tác phòng chống dịch nhằm tạo sự chủ động cho người dân khi dịch bệnh xảy ra.
Đối với cá tra, trong 10 tháng đầu năm 2013, các loại dịch bệnh trên cá tra đã xảy ra tại 71 xã thuộc 21 huyện của 6 tỉnh. Tổng diện tích bị bệnh là 732.1 ha, gồm Bến Tre (7,6 ha), Đồng Tháp (639 ha), Hậu Gian (0,1ha) , thành phố Cần Thơ (1,2 ha), Trà Vinh (9,1 ha) và Vĩnh Long (75 ha). Cá tra mắc các bệnh như : Gan thận mủ (chiếm khoảng 48% ), xuất huyết (chiếm khoảng 32%), ký sinh trùng (khoảng 4%) và một số bệnh khác. Dịch bệnh xuất hiện quanh năm, nhưng bị nặng nhất vào giai đoạn từ tháng 12 – 2 và tháng 6 – 8.
Bệnh trên cá nước ngọt xuất hiện tại 65 xã thuộc 25 huyện của 10 tỉnh. Tổng diện tích bị bệnh khoang 326,5 ha: Hà Nội (69,2 ha), Ninh Bình (150 ha), Thanh Hóa (4,4 ha), Nghệ An (19,8 ha), Quảng Trị (10 ha). Đăk Lăk (1,4 ha), Lâm Đồng (12 ha), Đồng Tháp (43,3 ha) và Trà Vinh (3,5 ha)ĐỐi với tình hình dịch bệnh trên nghêu (ngao), tổng diện tích bị bệnh là 1.560,69 ha, bao gồm: Hải Phòng (102 ha), Thanh Hóa (155 ha), Nghệ An (2,5 ha), Tiền Giang (1.121,19 ha), Trà Vinh (60 ha) và Bạc Liệu (120 ha). Thời gian mắc bệnh của nghêu tập trung vào tháng 4/2013. Qua phân tích cho thấy ký sinh trùng Perkinsus không phải là tác nhân gây bệnh, điều kiện môi trường thay đổi có thể làm cho nghêu bị giảm sức đề kháng.
Tại Hội nghị, Thứ trưởng Vũ Văn Tám khẳng định: Để đảm bảo lợi ích cho người nuôi tôm, các địa phương cần kiểm soát tốt dịch bệnh, chất lượng tôm giống và vật tư đầu vào. Trong nuôi trồng thủy sản, chất lượng môi trường nước vùng nuôi rất quan trọng nên cần triển khai tốt công tác quan trắc, xử lý môi trường, đảm bảo chất lượng nguồn nước tại vùng nuôi. Các địa phương nuôi tôm cần vận động người nuôi tuân thủ lịch mùa vụ và triển khai áp dụng các quy trình canh tác tiên tiến, phòng chống dịch bệnh hiệu quả. Về phía Bộ NN&PTNT sẽ chỉ đạo các cơ quan liên quan tiếp tục xây dựng hoàn thiện các tiêu chuẩn, quy chuẩn quốc gia về kiểm soát chất lượng vật tư đầu vào phục vụ nuôi trồng thủy sản, trong đó có tôm nuôi. Đồng thời, tiếp tục triển khai công tác thanh, kiểm tra các cơ sở kinh doanh vật tư thuốc thú y nông nghiệp để đảm bảo kiểm soát chất lượng thủy sản theo chuỗi giá trị sản xuất.
Năm 2014, dự báo sẽ có nhiều khó khăn và phức tạp, dự kiến diện tích nuôi, sản lượng nuôi trồng thủy sản tăng khoảng 5% so với năm 2013. Trong đó, nuôi nước lợ, sản lượng tôm sú không tăng, sản lượng tôm chân trắng tăng 20-30% so với năm 2013, tương đương 230 ngàn tấn và 60 ngàn ha. Diện tích cá tra giữ mức 6.000 ha, sản lượng 1,0 triệu tấn (giảm 200 nghìn tấn so với 2013).