Theo đó, mục tiêu là nhằm phát triển ngành tôm Phú Yên trở thành ngành công nghiệp sản xuất mũi nhọn, bền vững, thích ứng với biến đổi khí hậu và bảo vệ môi trường sinh thái; nâng cao chất lượng, hiệu quả sản xuất và sức cạnh tranh của sản phẩm tôm Việt Nam; mang lại lợi ích cho người dân, doanh nghiệp và nền kinh tế tỉnh nhà. Tỉnh phấn đấu đến năm 2020 tăng năng suất, sản lượng, chất lượng và giá trị sản phẩm thông qua áp dụng các tiến bộ về khoa học công nghệ; xây dựng nền tảng cần thiết để thúc đẩy tăng trưởng bền vững ở giai đoạn tiếp theo.
Một số chỉ tiêu cụ thể: giá trị sản xuất tôm đạt trên 70 triệu USD; tốc độ tăng trưởng kim ngạch xuất khẩu tôm bình quân trong giai đoạn đạt 3,13%/năm; tổng diện tích nuôi tôm nước lợ đạt 1.943ha, trong đó 250ha nuôi tôm sú, 1.693ha nuôi tôm thẻ chân trắng. Giữ ổn định thể tích nuôi tôm hùm lồng đạt 475.000m3/27.000 lồng; tổng sản lượng tôm nuôi nước lợ đạt 9.950 tấn.
Đến giai đoạn 2021-2025, ngành công nghiệp sản xuất tôm công nghệ cao và nuôi quảng canh quy mô lớn được hình thành và tổ chức sản xuất hợp lý; hệ thống cơ sở hạ tầng, dịch vụ kỹ thuật được đầu tư đồng bộ, hiệu quả và bền vững, với tổng giá trị sản xuất tôm đạt 100 triệu USD; tốc độ tăng trưởng giá trị sản xuất tôm bình quân giai đoạn đạt trên 3,61%/năm; tổng diện tích nuôi tôm nước lợ đạt 1.943ha, trong đó 300ha nuôi tôm sú, 1.643ha nuôi tôm thẻ chân trắng. Thể tích nuôi tôm hùm lồng đạt 475.000m3/27.000 lồng, diện tích nuôi tôm công nghệ RAS đạt 70ha; tổng sản lượng tôm nước lợ nuôi đạt 11.250 tấn…
Bên cạnh đó, định hướng phát huy tiềm năng về điều kiện tự nhiên, đặc biệt là lợi thế về điều kiện tự nhiên và lợi thế kinh nghiệm của người dân để phát triển ngành tôm hiệu quả, bền vững, thích ứng với biến đổi khí hậu; Phát triển mô hình nuôi tôm công nghiệp ứng dụng công nghệ cao với quy mô nhân rộng, phù hợp với đặc điểm từng vùng, thân thiện với môi trường; tạo ra sản phẩm có chất lượng cao (tôm sinh thái, hữu cơ, có chứng nhận an toàn...), hướng tới không sử dụng hóa chất, thuốc kháng sinh ở tất cả các phương thức nuôi và các khâu trong chuỗi sản xuất, tiêu thụ sản phẩm tôm; phát triển ngành tôm gắn với thị trường tiêu thụ, nâng cao chất lượng và xây dựng các thương hiệu sản phẩm tôm theo vùng, phương thức nuôi; phát triển ngành tôm theo tư duy hệ thống và chuỗi giá trị, trong đó doanh nghiệp đóng vai trò là trụ cột, đầu tàu và là động lực của toàn chuỗi giá trị.
Tổ chức lại sản xuất theo hướng hợp tác, liên kết các nhóm hộ sản xuất nhỏ lẻ để tạo vùng sản xuất nguyên liệu tập trung quy mô lớn, tạo đầu mối để liên kết với các doanh nghiệp cung ứng vật tư đầu vào và tiêu thụ sản phẩm. Phát triển ngành tôm phải gắn kết hài hòa với các ngành kinh tế khác, không gây xung đột, mâu thuẫn, kìm hãm giữa các ngành sản xuất, đặc biệt là du lịch.