Theo quy hoạch của UBND tỉnh về vùng nuôi thủy sản, toàn huyện Vạn Ninh có 6 vùng nuôi với tổng diện tích trên 550ha, quy mô 11.500 ô lồng. Thế nhưng thực tế, trên địa bàn huyện hiện có gần 30.000 ô lồng, trong đó hơn một nửa các ô lồng là của các hộ nuôi ngoại tỉnh. Các vùng quy hoạch bị chồng lấn với vùng nuôi của người dân ngoại tỉnh nên người dân địa phương muốn di dời lồng bè từ ngoài vào cũng không còn chỗ. Điều này dẫn đến xung đột giữa các hộ nuôi, kéo theo đó là những bất cập trong công tác kê khai, vay vốn, hỗ trợ khi có thiên tai, dịch bệnh,vệ sinh môi trường vùng nuôi, an ninh trật tự…
Hiện nay tỉnh, huyện cũng chưa có bất kỳ một quy định nào cấm người dân ngoài tỉnh đến nuôi trồng thủy sản ở địa phương, nên địa phương vẫn chưa có hướng xử lý cụ thể đối với những hộ ngoài tỉnh vào xâm chiếm vùng nuôi. Tuy nhiên, nếu không sớm có biện pháp giải quyết vấn đề, về lâu dài sẽ phát sinh nhiều hệ lụy ảnh hưởng đến hoạt động nuôi trồng thủy hải sản của địa phương.