Phát triển theo mô hình khép kín, tự cung tự cấp, rất rõ ở các doanh nghiệp chế biến cá tra. Sau cuộc khủng hoảng thừa cá tra năm 2008, các doanh nghiệp chế biến ồ ạt xây dựng thêm nhà máy và tổ chức các vùng nuôi gọi là để chủ động nguồn nguyên liệu. Đến đầu năm 2012, Tổng cục Thủy sản cho biết: “Chuyển biến mạnh mẽ của các doanh nghiệp chế biến, hầu hết đã xây dựng được vùng nguyên liệu riêng, có doanh nghiệp tự chủ nguyên liệu được 60 - 70% công suất chế biến. Số diện tích nuôi đạt chứng nhận quốc tế tăng, đến nay có khoảng 2.000 ha đạt chứng nhận GlobalGAP, chiếm gần 40% tổng diện tích nuôi”.
Nhiều doanh nghiệp xây dựng cả nhà máy sản xuất thức ăn thủy sản, tóm lại là lo từ A đến Z. Dĩ nhiên, có những lý giải, nhưng xét tổng thể một ngành kinh tế, đó là sự đầu tư thiếu tập trung cho chuyên nghiệp, không khôn ngoan. Từng doanh nghiệp khép kín thì cả ngành kinh tế chỉ gồm những thành viên độc lập, nhỏ bé, rời rạc, thiếu liên kết, hợp tác để tạo nên sức mạnh tổng hợp. Thậm chí, nội bộ còn cạnh tranh “xấu” lẫn nhau làm triệt tiêu nguồn lực của ngành.
Chỉ trong mấy năm, các doanh nghiệp đa số khởi sự từ doanh nghiệp gia đình, mở chiều rộng quá nhanh nên quản trị không theo kịp, chưa thoát khỏi hình thức gia đình. Quản trị yếu lại khép kín, dẫn tới che dấu khiếm khuyết, khiến cho yếu kém ngày càng trầm trọng. Những doanh nghiệp lâm nợ lớn, phải đóng cửa hoặc đổi chủ đã thể hiện rất rõ điều này, đầy đủ cơ sở từ A đến Z thì cũng thất thoát từ A đến Z.
Hồi đầu năm 2012, Công ty CP Tư vấn BnA có một nghiên cứu cho biết, các doanh nghiệp thủy sản Việt Nam đầu tư lớn vào cơ sở vật chất nhưng chưa đầu tư tương xứng cho công tác quản lý. Nhất là việc ứng dụng linh hoạt các giải pháp công nghệ hiện đại vào quy trình quản lý sản xuất nhằm nâng cao hiệu quả đồng vốn, chất lượng sản phẩm.
Nhiều chuyên gia đã chỉ ra, khó khăn của doanh nghiệp thủy sản hiện nay, bên cạnh nguyên nhân khách quan, có nguyên nhân chủ quan ở các doanh nghiệp. Đơn giản như hàng tồn kho, quản lý không được dẫn đến thất thoát rất lớn mà có doanh nghiệp qua khủng hoảng nợ, phát hiện tổn thất đến hàng trăm tỷ đồng. Đại diện VASEP cho rằng, vì quản lý thiếu khoa học, không phát triển được liên kết, hợp tác trong chuỗi giá trị gia tăng, nên khi gặp khó khăn từ bên ngoài, nguồn lực của doanh nghiệp vừa tích lũy được đã bị tổn thất nhanh chóng, thậm chí là tiêu tan.