Theo thống kê sơ bộ, tỉnh Kiên Giang có khoảng 194 đơn vị hoạt động chế biến thủy sản. Hầu hết các cơ sở sản xuất tuy có hệ thống xử lý nước thải nhưng chỉ có hơn 60% hoạt động thường xuyên. Số còn lại không vận hành thường xuyên hoặc chưa xây dựng.
Nước thải sau sản xuất đều được thải trực tiếp vào hệ thống song, rạch, gây ô nhiễm hữu cơ, chất dinh dưỡng và vi sinh cho nguồn nước mặt. Những địa phương bị ô nhiễm nặng là TP Rạch Giá, huyện Châu Thành, Kiên Lương và Phú Quốc.
Qua kết quả đánh giá chất lượng nước thải tại các cơ sở sản xuất công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp và các nhà máy chế biến thủy sản trên địa bàn tỉnh Kiên Giang cho thấy nguồn nước đã bị ô nhiễm cục bộ. Đặc biệt nguồn nước thải tại các cơ sở chế biến thủy hải sản đã bị ô nhiễm hữu cơ, ô nhiễm dinh dưỡng và chất rắn lơ lửng khá nặng. Các chỉ tiêu tổng Coliform vượt tiêu chuẩn cho phép rất cao, điều này đang là mối nguy hạ cho người dân khi dùng nước có hàm lượng vi khuẩn gây bệnh cao./.