Nhuyễn thể hai mảnh vỏ là loài ăn các loại vi sinh phù du có trong nước, bởi vậy việc kiểm nghiệm được tiến hành ở cả mẫu nhuyễn thể và mẫu nước để tìm tảo độc, độc tố sinh học, sinh vật gây bệnh, kim loại nặng… Ban giám sát xác định điểm lấy mẫu, lập kế hoạch thu mẫu theo chiều con nước, giờ thu mẫu theo đỉnh triều cao nhất tại các bãi nuôi và thu hoạch nhuyễn thể, tổ chức thu mẫu, bảo quản, vận chuyển gửi mẫu về Trung tâm Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản vùng I (Hải Phòng) thuộc Cục QLCLNLTS để phân tích, kiểm tra mật độ tảo độc, dư lượng các chất độc hại trong môi trường nước nuôi nhuyễn thể và trong sản phẩm nhuyễn thể. Nếu mẫu kiểm nghiệm đạt tiêu chuẩn, Cục QLCLNLTS sẽ ra thông báo thu hoạch và xử lý sau thu hoạch về Chi cục QLCLNLTS tỉnh để thông báo ngay chế độ thu hoạch và xử lý sau thu hoạch cho các phòng NN và PTNT, ban giám sát thu hoạch các huyện, các cơ sở thu hoạch, kinh doanh nguyên liệu, sơ chế, chế biến nhuyễn thể…
Các cơ sở thu hoạch, đại lý kinh doanh phải thực hiện đăng ký thu hoạch với Ban giám sát cho từng đợt thu hoạch, thu hoạch đúng vùng đã đăng ký và thực hiện tốt chế độ xử lý sau thu hoạch. Phương tiện để vận chuyển sản phẩm thu hoạch phải được giữ sạch, tránh trở thành nguồn lây nhiễm cho nhuyễn thể sống. Khi vận chuyển nhuyễn thể từ vùng thu hoạch đến cơ sở chế biến phải kèm theo phiếu thu hoạch, giấy chứng nhận xuất xứ do cơ quan kiểm soát thu hoạch nhuyễn thể cấp. Tất cả các lô hàng không đầy đủ thủ tục sẽ không được giải quyết cấp giấy chứng nhận xuất xứ cũng như không được kiểm tra và cấp giấy chứng nhận chất lượng. Đồng chí Trần Xuân Lại, Chi cục trưởng Chi cục QLCLNLTS tỉnh cho biết: “Chương trình kiểm soát thu hoạch nhuyễn thể hai mảnh vỏ có ý nghĩa thiết thực, nhất là khi Việt Nam tham gia tổ chức Thương mại quốc tế (WTO). Nếu vùng nuôi trồng đạt kiểm định tiêu chuẩn chất lượng hạng A thì sản phẩm có thể dùng ăn sống được mà không cần qua chế biến và có thể xuất khẩu ngay. Tuy nhiên hiện nay, vùng nuôi ở tỉnh mới chỉ đạt được tiêu chuẩn loại B, nên được phép thu hoạch nhưng phải làm sạch (nuôi lưu) hoặc xử lý nhiệt trước khi tiêu thụ”. Về phía cơ sở sản xuất, đại lý kinh doanh, việc tham gia chương trình cũng có lợi ích đáng kể, bởi các đầu mối tiêu thụ số lượng lớn và ổn định như khách sạn, siêu thị, nhà hàng… chủ yếu nhập sản phẩm thu hoạch đã được cấp giấy chứng nhận xuất xứ để đảm bảo ATVSTP cho người tiêu dùng. Năm 2012, Chi cục QLCLNLTS tỉnh đã tổ chức 21 đợt lấy mẫu giám sát, lấy 126 mẫu nước,
69 mẫu nhuyễn thể gửi kiểm tra các chỉ tiêu. Kết quả cho thấy, chất lượng ngao tại các vùng nuôi đảm bảo yêu cầu, không nhiễm độc tố sinh học và vi sinh vật. Chi cục đã kiểm soát và cấp 359 giấy chứng nhận xuất xứ sản phẩm ngao cho 8.334 tấn ngao tiêu thụ nội địa và xuất khẩu; trong đó huyện Nghĩa Hưng được cấp 222 giấy chứng nhận cho 5.035 tấn ngao thương phẩm, huyện Giao Thủy được cấp 137 giấy chứng nhận cho 3.299 tấn ngao thương phẩm.
Chương trình kiểm soát ATVSTP trong thu hoạch nhuyễn thể hai mảnh vỏ đã góp phần nâng cao nhận thức của các cấp, các ngành trên địa bàn tỉnh về quy trình kiểm soát ATVSTP từ gốc, là cơ sở để xây dựng thương hiệu các sản phẩm thủy sản của tỉnh vì mục tiêu phát triển bền vững.