Để phòng tránh dịch bệnh và giảm thiểu thiệt hại do dịch bệnh - gây chết hàng loạt nhuyễn thể nuôi, ngay từ những ngày đầu bùng phát dịch bệnh, Bộ NN&PTNT đã tích cực giám sát, chỉ đạo mọi hoạt động của các đơn vị chức năng. Cụ thể là: Yêu cầu Sở NN&PTNT các tỉnh/thành tăng cường kiểm tra giám sát, cử cán bộ bám sát địa bàn những vùng nuôi trọng điểm, chỉ đạo nuôi theo đúng lịch mùa vụ, theo dõi tiến độ thả giống, tình hình dịch bệnh; khi phát hiện bệnh, khoanh vùng dập dịch kịp thời, không để dịch bệnh lây lan. Ngoài ra, theo dõi sát sao công tác quan trắc, cảnh báo môi trường, thông báo trên phương tiện thông tin đại chúng để người dân biết đề phòng; quản lý nghiêm các cơ sở sản xuất, kinh doanh giống thủy sản, thức ăn, chế phẩm sinh học, sản phẩm xử lý và cải tạo môi trường, các cơ sở sản xuất kinh doanh vật tư nông nghiệp và sản phẩm nông lâm thủy sản; tăng cường kiểm tra và xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm về mua bán và sử dụng thức ăn, hóa chất cấm, chế phẩm sinh học không có trong danh mục được phép lưu hành, con giống không rõ nguồn gốc, không qua kiểm dịch, những trường hợp xả mầm bệnh chưa được xử lý ra môi trường xung quanh. Cùng với các hoạt động của Bộ, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thuỷ sản 1 cũng đã triển khai một số đề tài khoa học, trong đó có đề tài: "Nghiên cứu các biện pháp kỹ thuật và quản lý nhằm góp phần ổn định nghề nuôi Nghêu thương phẩm ở Việt Nam"; "Nghiên cứu dịch bệnh gây chết hàng loạt ở Tu hài (Lutraria philippinarum, Reeve, 1854) nuôi tại Việt Nam".
Về dịch bệnh ở Nghêu nuôi, theo báo cáo của một số tỉnh trọng điểm vùng ĐBSCL, quý 1/2013, Nghêu nuôi có hiện tượng chết trên diện rộng. Nguyên nhân chủ yếu do nắng nóng kéo dài, Nghêu chết do nhiệt độ và độ mặn tăng cao, mật độ thả nuôi dày. Bộ NN&PTNT đã khuyến cáo người dân tuyệt đối không thả Nghêu giống vào thời điểm thời tiết không thuận lợi (từ tháng 1-3 âm lịch và thời điểm giao mùa). Mật độ thả duy trì trong khoảng 180-200 con/m2, cỡ giống 400-600 con/kg. Khi Nghêu đạt kích cỡ thương phẩm, phải khẩn trương thu hoạch để tránh thiệt hại có thể xảy ra. Trong quá trình nuôi Nghêu, chủ động san thưa, không để mật độ nuôi quá dày. Nếu phát hiện Nghêu chết, lập tức thu gom xác Nghêu để tránh lây lan sang các cá thể Nghêu còn sống, đồng thời có biện pháp khai thông các vùng đọng nước, không để hiện tượng đọng nước cục bộ. Khi có dịch bệnh, chuyển Nghêu đến bãi triều thấp, chuyển vào ao đất. Nhìn chung, trong 6 tháng đầu năm 2013, hiện tượng Nghêu chết đã liên tục xảy ra tại Hải Phòng, Nam Định, Thái Bình, Thanh Hoá và một số tỉnh ĐBSCL (Tiền Giang, Bến Tre, Bạc Liêu), tập trung ở vùng cao triều, xảy ra ở mọi kích cỡ (nhưng chủ yếu là cỡ 50-90 con/kg), tỷ lệ chết 20-80% (nhiều nhất là 50-60%).
Yếu tố môi trường (gồm nhiệt độ, độ mặn, dư lượng thuốc bảo vệ thực vật trong nước, trong bùn và các loài tảo có khả năng sinh độc tố hoặc gây hiện tượng nở hoa, thuỷ triều đỏ…) được xác định là các tác nhân gây ảnh hưởng đến Nghêu nuôi. Nắng gay gắt, nhiệt độ và độ mặn cao kéo dài trong nhiều ngày đã khiến các chỉ số COD, NH4 và H2S đều vượt ngưỡng cho phép; chất rắn lơ lửng cũng cao hơn mức giới hạn (thậm chí có nơi cao gấp 5-6 lần mức cho phép, khiến nước rất đục). Tuy nhiên, trong các yếu tố trên, tảo độc đã được loại ra khỏi danh sách tác nhân gây chết Nghêu nuôi (do tảo xuất hiện với mật độ thấp). Thí nghiệm cảm nhiễm với độ mặn cho thấy: Độ mặn có ảnh hưởng mạnh đến tình trạng sinh trưởng, phát triển ở Nghêu nuôi. Tác nhân ký sinh trùng, nấm có cường độ nhiễm và tấn suất xuất hiện thấp, nên cũng được loại bỏ liên quan đến hiện tượng Nghêu chết. Không phát hiện thấy mầm bệnh vi rút, chỉ phát hiện một số loài vi khuẩn; song, chưa có kết luận cuối cùng về vi khuẩn gây chết Nghêu nuôi.
Đối với Tu hài, trong 6 tháng đầu năm, tại vùng nuôi Tu hài trọng điểm ở các tỉnh Hải Phòng, Quảng Ninh và Khánh Hoà đã xảy ra hiện tượng Tu hài nuôi chết hàng loạt. Tu hài chết có biểu hiện bất thường (vòi sưng, bong tróc), vi khuẩn và vi rút được xác định là có liên quan đến hiện tượng Tu hài bị chết và nguồn gốc/xuất xứ của giống Tu hài cũng có liên quan đến dịch bệnh. Các nhà nghiên cứu đã tiến hành thu mẫu, phân tích yếu tố môi trường. Kết quả cho thấy: Yếu tố môi trường nằm trong ngưỡng cho phép, ngoại trừ yếu tố độ mặn và độ pH cao; Sau khi phân lập một số loài tảo có khả năng sinh độc tố (gây hiện tượng thuỷ triều đỏ), nhóm nghiên cứu nhận thấy: mật độ của tảo độc rất thấp.
Về tác nhân gây Tu hài nuôi chết hàng loạt, phát hiện Tu hài bệnh bị nhiễm một số loài vi khuẩn với tỷ lệ 50-100%. Tu hài chết nhưng không có hiện tượng sưng vòi. Kiểm tra kỹ thì thấy mô mang, mô gan và mô cơ vòi của Tu hài bị hoại tử. Trong các nghiên cứu tiếp theo với vi rút trong vòi của Tu hài bệnh, kết quả sơ bộ cho thấy vi khuẩn là tác nhân thứ cấp, gây hoại từ nhanh mô mang, mô gan và mô cơ vòi, tác nhân chính gây chết hàng loạt Tu hài nuôi là vi rút.
Để đi đến kết luận cuối cùng, các nhà khoa học đã tiến hành nhiều cuộc nghiên cứu, thử nghiệm nhằm xác định tác nhân, nguyên nhân gây chết hàng loạt nhuyễn thể nuôi; tiếp đến, lập danh mục và chủng giống các tác nhân gây bệnh; từ đó, đề xuất giải pháp tổng hợp, góp phần phát triển nghề nuôi nhuyễn thể hai mảnh vỏ hiệu quả, bền vững. Theo kế hoạch, trong năm 2013 này, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thuỷ sản 1 sẽ tập trung nghiên cứu nguyên nhân/tác nhân gây Tu hài nuôi chết hàng loạt; tiếp tục thu mẫu Tu hài bệnh, gây nhiễm vi khuẩn trong các điều kiện môi trường khác nhau, gây nhiễm cho Tu hài khoẻ bằng dịch lọc (ở phần vòi) của Tu hài có biểu hiện sưng vòi. Tuy nhiên, việc thu mẫu sẽ vẫn gặp nhiều khó khăn, do còn rất ít hộ nuôi đối tượng này, hơn nữa, nếu đang nuôi thì số lượng Tu hài chết nhiều, có khả năng không thu đủ mẫu…
Sau những nỗ lực nghiên cứu, thí nghiệm, nhóm các nhà nghiên cứu khoa học đã khẳng định: hiện tượng Tu hài chết có liên quan đến mầm bệnh và diễn biến bệnh có xu hướng lây lan (phát triển thành dịch), tác nhân chính gây chết hàng loạt Tu hài nuôi là vi rút. Trong khi đó, Nghêu chết do thời tiết nắng nóng gay gắt, nhiệt độ và độ mặn tăng cao (thời điểm Nghêu chết, nhiệt độ môi trường là 40oC, độ mặn 33-37‰), chất lượng môi trường kém, chất rắn lơ lửng nhiều, mật độ thả nuôi dày.
Được sự chỉ đạo kịp thời của các cấp trong việc phòng tránh dịch bệnh, giảm thiểu thiệt hại của nghề nuôi trồng thuỷ sản nói chung và nghề nuôi nhuyễn thể hai mảnh vỏ nói riêng, tới nay, Việt Nam đã cơ bản kiểm soát được tình hình dịch bệnh, triển khai hiệu quả vụ nuôi năm 2013.