Mỗi năm, nông dân ĐBSCL sử dụng đến hàng ngàn tấn thuốc bảo vệ thực vật. Ngoài việc góp phần bảo vệ mùa màng, tăng năng suất lúa, những loại thuốc này cũng ảnh hưởng không nhỏ đến môi trường, sức khỏe của chính bà con.
Còn với phân bón, theo các chuyên gia nông nghiệp, ước tính lượng phân bón dư thừa trong sản xuất lúa tại ĐBSCL đã phát thải gần 140.000 tấn/năm.
Bên cạnh sản xuất lúa, cây trồng, ô nhiễm môi trường trong ngành thủy sản cũng đang ở mức báo động, đặc biệt là tình trạng ồ ạt mở rộng diện tích nuôi tôm, cá tra ở khu vực này. Với khoảng 5.000ha mặt nước nuôi cá tra, ước tính mỗi năm có gần 1 triệu tấn chất thải có nguồn gốc từ thức ăn nuôi cá trong các ao thải ra môi trường.
Thời gian gần đây, trước sự bấp bênh của nghề nuôi cá tra, tận dụng những chiếc ao bỏ trống, nhiều nông dân ở Đồng Tháp, An Giang, Cần Thơ… chuyển hướng đầu tư cho con cá lóc. Do phát triển quá nóng, không nằm trong quy hoạch nên chuyện ô nhiễm môi trường là tất yếu.
Những năm qua, xã Thường Thới Tiền, huyện Hồng Ngự, là một trong những điểm nóng về phát triển mô hình nuôi cá lóc của tỉnh Đồng Tháp. Từ vài hộ ban đầu, đã có hàng chục hộ với gần 100 ao thả nuôi cá lóc xuất hiện, trong khi đây là vùng lúa 3 vụ ăn chắc với đê bao khép kín.
Không nằm trong quy hoạch nên con kênh trung tâm hoặc đường nước gần ruộng được biến thành nơi xả thải của những ao cá lóc. Do thức ăn của cá lóc có độ đạm cao nên nguồn nước thải ra rất hôi và ảnh hưởng nặng nề đến sinh hoạt, sản xuất của chính người dân.