Trước đó, vào giữa năm 2012, qua kiểm tra Ủy ban Nhân dân tỉnh Phú Yên kết luận tất cả các doanh nghiệp, hộ nuôi thủy sản tại Vũng Rô đều tự phát, trái phép, gây ô nhiễm môi trường; đồng thời phát hiện có người nước ngoài đang làm việc trên các bè nuôi cá tại đây.
Ủy ban Nhân dân tỉnh Phú Yên đã kịp thời chấn chỉnh để đảm bảo an ninh trật tự và ngày 6/11/2012 đã ra văn bản số 3379/Ủy ban Nhân dân-KT khẳng định lại: "Toàn bộ vùng nước tại Vũng Rô có diện tích khoảng 1.640ha đã được quy hoạch cảng biển tổng hợp nên nghiêm cấm các cá nhân và doanh nghiệp thả lại giống mới, mở rộng lồng/bè, đầu tư mới và cấm tất cả các hoạt động nuôi trồng thủy sản tại Vũng Rô sau tháng 10/2013.”
Tuy nhiên, đến cuối tháng 8/2013 chỉ có 8,7% số lồng nuôi di dời khỏi Vũng Rô; còn lại 7.907 lồng chưa di dời. Hiện vẫn còn 248 hộ vẫn đang nuôi thủy sản tại Vũng Rô với 6.035 lồng nuôi, chủ yếu là cá mú, tôm hùm. Nguyên nhân chính là người nuôi cho rằng chưa tìm được địa điểm mới để di dời.
Ngoài ra, mới đây có một số doanh nghiệp lại tự phát làm bè tổ chức nhà hàng nổi, ăn uống phục vụ hoạt động du lịch tại Vũng Rô. Ủy ban Nhân dân tỉnh Phú Yên đã chỉ đạo Sở Tài nguyên-Môi trường phối hợp chính quyền huyện Đông Hòa kiểm tra và đề xuất biện pháp xử lý./.