Theo đó, việc cấp giấy chứng nhận chất lượng giống thuỷ sản; cấp giấy chứng nhận chất lượng thức ăn thuỷ sản; cấp giấy chứng nhận chất lượng chế phẩm sinh học, vi sinh vật, hoá chất xử lý cải tạo môi trường dùng trong nuôi trồng thuỷ sản; cấp giấy chứng nhận lưu hành sản phẩm xử lý cải tạo môi trường nuôi trồng thuỷ sản đối với 1 sản phẩm; cấp giấy thay đổi thông tin của sản phẩm đã có trong danh mục; cấp phép nhập khẩu, xuất khẩu động vật, sản phẩm động vật, thực vật thuỷ sản, có mức phí 50.000 đồng/lần cấp.
Trong khi đó, về công tác quản lý chất lượng trong nuôi trồng thủy sản, phí kiểm tra chất lượng lô hàng thức ăn, nguyên liệu làm thức ăn thuỷ sản nhập khẩu; hoá chất, chế phẩm sinh học, vi sinh vật, khoáng chất nhập khẩu; thức ăn, hoá chất, chế phẩm sinh học, vi sinh vật, khoáng chất xuất khẩu; con giống.được tính bằng 0,095% giá trị lô hàng (tối thiểu 285.000 đồng, tối đa 9.500.000 đồng)
Về phí kiểm tra điều kiện sản xuất kinh doanh thủy sản, việc kiểm tra, đánh giá phân loại điều kiện đảm bảo chất lượng, an toàn thực phẩm đối với cơ sở sản xuất thức ăn thủy sản, sản phẩm xử lý và cải tạo môi trường nuôi trồng thủy sản, mức phí là 1.500.000 đồng/lần.
Tổng số tiền phí thu được, cơ quan thu được trích 90% trước khi nộp vào ngân sách Nhà nước để trang trải cho các nội dung chi. Số tiền còn lại (10%) nộp vào ngân sách Nhà nước.
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 10/2/2014.