Toàn tỉnh hiện có 5 cơ sở sản xuất, kinh doanh giống, sản xuất được 226 triệu con cá giống các loại (cá bột 117 triệu con, cá hương 73 triệu con, cá giống 36 triệu con), cơ bản đáp ứng cho nhu cầu nuôi trồng thả. Bước đầu hình thành các vùng nuôi trồng thuỷ sản tập trung với 167 vùng có diện tích từ 10ha trở lên, tập trung ở các huyện Lương Tài, Gia Bình, Quế Võ…, tổng diện tích khoảng 3.288ha. Phong trào nuôi cá thâm canh có năng suất, giá trị kinh tế cao như: cá rô phi đơn tính, cá chim trắng, cá chép lai... phát triển, năm 2014 diện tích nuôi cá thâm canh đạt 1.857ha, chiếm 34,5% diện tích nuôi trồng thủy sản. Sở dĩ diện tích nuôi cá thâm canh được mở rộng và phát triển nhờ chính sách ưu đãi của UBND tỉnh trong công tác quy hoạch, hỗ trợ giá cá giống, tập huấn khoa học kỹ thuật vv….
Ngoài ra, từ năm 2000 đến nay phong trào nuôi cá lồng trên sông Đuống, sông Thái Bình phát triển mạnh tại một số huyện: Gia Bình, Lương Tài, Tiên Du, Thuận Thành, Quế Võ mở ra một nghề mới trong nuôi trồng thuỷ sản, góp phần đa dạng hình thức và đối tượng nuôi, cung cấp các sản phẩm thuỷ sản có chất lượng, giá trị kinh kế cao đáp ứng cho nhu cầu tiêu dùng như: cá điêu hồng, cá lăng chấm, cá trắm dòn và cá chép dòn…
Toàn tỉnh triển khai và thực hiện 11 đề tài khoa học liên quan đến lĩnh vực sản xuất giống, áp dụng KHKT mới vào nuôi trồng thuỷ sản như: sinh sản cá chép lai 3 máu, sinh sản cá chim trắng, sinh sản baba gai, nuôi tôm càng xanh, ếch, lươn, cá lăng chấm, cá lồng trên sông, cá rô phi đường nghiệp…Hằng năm ngành Nông nghiệp tổ chức khoảng 25-30 lớp tập huấn quản lý nhà nước về thuỷ sản, chuyển giao tiến bộ KHKT nuôi trồng thuỷ sản cho các đối tượng là cán bộ quản lý thuỷ sản của huyện, xã, các cơ sở sản xuất giống, thức ăn, thuốc thú y thuỷ sản và các hộ nuôi trồng thủy sản trong tỉnh. Từ đó nâng cao nhận thức, ý thức chấp hành các quy định của pháp luật trong sản xuất kinh doanh thuỷ sản đồng thời giúp người dân nâng cao kiến thức chăm sóc, phòng trị bệnh cho thuỷ sản thả nuôi. Sản xuất thuỷ sản góp phần tăng thu nhập cho người dân, nâng cao giá trị sản xuất nông nghiệp cao gấp 1,3- 3 lần/ha canh tác so với độc canh cấy lúa. Doanh thu bình quân năm đạt 207 triệu đồng/ha, thu nhập trung bình đạt 144 – 167 triệu đồng/ha (giá so sánh năm 2010), trong đó hình thức nuôi thâm canh rô phi, chim trắng, trắm cỏ đạt 160 - 180 triệu/ha; hình thức bán thâm canh VAC, AC đạt 120-140 triệu đồng/ha, lúa-cá đạt 60 triệu đồng/ha; tạo công ăn việc làm, nâng cao thu nhập cải thiện đời sống cho một bộ phân không nhỏ người dân trong tỉnh (số cơ sở nuôi trồng thủy sản là 14.548 với 17.000 lao động).
Tuy nhiên sản xuất thủy sản Bắc Ninh hiện nay vẫn đang đứng trước một số khó khăn, các vùng nuôi trồng thủy sản tập trung đã hình thành (167 vùng) có diện tích từ 10ha trở lên nhưng hệ thống kết cấu hạ tầng, nhất là hệ thống cấp thoát nước cho các vùng nuôi chưa được xây dựng hoàn chỉnh để mở rộng diện tích nuôi thâm canh bền vững; chưa xây dựng được vùng nuôi thâm canh có chứng nhận bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm, an toàn dịch bệnh; việc tiêu thụ sản phẩm của người dân còn gặp nhiều khó khăn, giá cả thường không ổn định; các vùng nuôi trồng thủy sản ngày càng chịu nhiều tác động do nguồn nước thải công nghiệp và sinh hoạt bị ô nhiễm; các bệnh thủy sản ngày càng diễn biến phức tạp gây hại cho sản xuất... Nguồn lợi Thủy sản tự nhiên có nguy cơ suy giảm do ảnh hưởng bởi biến đổi khí hậu và tác động của tình trạng khai thác quá mức, đánh bắt bằng xung điện…dẫn đến nguồn lợi thủy sản tự nhiên không kịp tái tạo.
Phát huy tiềm năng, lợi thế sẵn có, tỉnh Bắc Ninh xác định lĩnh vực sản xuất Thuỷ sản Bắc Ninh là một lĩnh vực mũi nhọn trong kinh tế nông nghiệp của tỉnh nhằm hiện thực hóa mục tiêu công nghiệp hoá, hiện đại hoá nông nghiệp nông thôn bằng chính sách đầu tư thỏa đáng của tỉnh cũng như các hộ sản xuất, giúp người dân làm giầu ngay trên đất quê hương.