Sau 02 năm triển khai, Chương trình đã tiến hành nhiều hoạt động, cụ thể: Tiếp tục điều tra nguồn lợi và bảo tồn nguồn lợi thủy sản. Ngoài các dự án đã và đang thực hiện bằng nguồn ngân sách thông qua các Chương trình, Dự án khác như “Xây dựng cơ sở dữ liệu về nguồn lợi thủy sản”; “Điều tra nguồn lợi Hải sản vùng biển Việt Nam”; “Quy hoạch chi tiết và thành lập khu bảo tồn biển Nam Yết”; trong năm 2013, Cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản đã phối hợp với UBND thành phố Hải Phòng trình Chính phủ phê duyệt và đưa vào hoạt động Khu bảo tồn biển Bạch Long Vĩ (Quyết định 2630/QĐ-TTg ngày 31/12/2013).
Công tác điều tra, đánh giá hiện trạng nguồn lợi thủy sản tại các địa phương cũng được quan tâm triển khai như: điều tra, đánh giá nguồn lợi thủy sản sông Mã (Thanh Hóa); điều tra, đánh giá nguồn lợi thủy sản sông Vu Gia, Thu Bồn (Quảng Nam); điều tra, đánh giá nguồn lợi thủy sản Khu vực Trà Sư, Búng Bình Thiên (An Giang); điều tra, đánh giá nguồn lợi thủy sản cửa sông Đồng Nai (Bà Rịa – Vũng Tàu),... đây là cơ sở cho việc quy hoạch phát triển thủy sản tại địa phương.
Thực hiện nội dung phục hồi và tái tạo nguồn lợi thủy sảm, trong năm 2013, Quỹ tái tạo nguồn lợi thủy sản Việt Nam chính thức đi vào hoạt động với việc Hội đồng quản lý Quỹ được kiện toàn, Cơ quan điều hành Quỹ được thành lập, các hoạt động kêu gọi sự tài trợ từ các tổ chức quốc tế và trong nước được triển khai. Tại các địa phương, hưởng ứng phong trào lấy tháng 4 hàng năm là tháng tái tạo nguồn lợi thủy sản, 100% hệ thống các Chi cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản; Chi cục Thủy sản; Trung tâm giống thủy sản cả nước đều bố trí nguồn kinh phí để thả giống bổ sung vào môi trường. Trong năm 2013 có khoảng 7 triệu giống tôm sú; 1.017 triệu giống cá các loại được thả ra các thủy vực tự nhiên.
Kết quả triển khai các nội dung thuộc Chương trình 188 tại các địa phương có nhiều chuyển biến, tính đến hết tháng 11/2013 đã có 29 tỉnh thành lập Ban chỉ đạo Chương trình bảo vệ và Phát triển nguồn lợi thủy sản; có 24 tỉnh đã phê duyệt được kế hoạch hành động thực hiện Chương trình và phê duyệt nguồn kinh phí của địa phương để triển khai các nội dung, dự án ưu tiên thuộc Quyết định 188. Các dự án được phê duyệt chủ yếu tập trung vào nội dung truyền thông, nâng cao nhận thức cộng đồng về công tác bảo vệ nguồn lợi thủy sản; tái tạo nguồn lợi thủy sản; thành lập các khu bảo tồn vùng nước nội địa, khu bảo tồn biển theo phân cấp; nghiên cứu, bảo tồn và lưu giữ một số giống thủy sản quý hiếm, có nguy cơ tuyệt chủng.
Một số địa phương như: An Giang; Kiên Giang; Cà Mau; Cần Thơ; Bến Tre; Trà Vinh, Tiền Giang, Long An, Bình Thuận, Thanh Hóa, Hà Tĩnh, Quảng Bình... là những địa phương đi đầu trong việc đi đầu trong việc triển khai thực hiện Chương trình 188. Công tác tuyên truyền đa dạng; xây dựng các mô hình đồng quản lý nghề cá...cần được tuyên truyền và nhân rộng trên phạm vi cả nước
Tuy nhiên, việc triển khai Chương trình tại một số tỉnh vẫn còn gặp khó khăn như: lúng túng trong việc xây dựng và tham mưu trình phê duyệt nội dung, dự toán kinh phí triển khai do chưa có hướng dẫn, quy định cụ thể các nội dung và danh mục chi của Bộ Tài chính; Ban chỉ đạo tại địa phương chưa được kiện toàn, một số tỉnh chưa thành lập; Kinh phí hàng năm để thực hiện các nội dung của Chương trình từ Trung ương đến địa chưa được đảm bảo.
Để các nội dung của Chương trình được triển khai đồng bộ từ Trung ương đến địa phương trong thời gian tới, cần tiếp tục triển khai một số nội dung sau: các địa phương phải chủ động xây dựng và phê duyệt các nội dung thực hiện Chương trình; cơ quan Báo, Đài tại Trung ương và địa phương phối hợp với các đơn vị chuyên môn tổ chức tuyên truyền về công tác bảo vệ môi trường và nguồn lợi thủy sản đến mọi tầng lớp dân cư trong cả nước; ban hành Thông tư liên tịch về Hướng dẫn lập, quản lý, sử dụng và quyết toán kinh phí ngân sách Nhà nước nguồn sự nghiệp để thực hiện các nhiệm vụ, dự án thuộc Chương trình 188; triển khai các dự án, đề án liên quan đến nội dung thuộc Chương trình Bảo vệ và Phát triển nguồn lợi thủy sản đến năm 2020.