Trong nuôi trồng thủy sản, đặc biệt ở giai đoạn phát triển từ ấu trùng/cá bột lên cá giống, thức ăn tự nhiên là thành phần không thể thiếu được của rất nhiều loài cá, giáp xác và thân mềm nước ngọt và lợ, mặn. Ở giai đoạn này, ấu trùng/cá bột rất nhỏ (kích thước miệng nhỏ), chưa phát triển hoàn chỉnh các cơ quan cảm giác (như mắt, xúc giác, cơ quan đường bên) và hệ tiêu hóa chưa hoàn chỉnh là những yếu tố hạn chế việc chọn lựa và sử dụng thức ăn thích hợp trong suốt thời kỳ bắt đầu ăn thức ăn ngoài.
Kích cỡ miệng của cá bột lúc bắt đầu ăn thức ăn ngoài giới hạn kích thước hạt thức ăn vừa với miệng (có thể ăn vào được). Nhìn chung, kích cỡ miệng có liên quan với kích thước cơ thể và phụ thuộc vào đường kính trứng, thời gian dinh dưỡng bằng noãn hoàng.
Tình tạng phát triển của ống tiêu hóa ở cá bột bắt đầu dinh dưỡng ngoài cũng thể hiện khả năng có thể hay không thể tiêu hóa những thức ăn của cá. Ở một số loài cá ống tiêu hóa đã phát triển với hệ thống enzym chức năng cho phép tiêu hóa các mảnh vụn thức ăn khi mới bắt đầu ăn. Ngược lại, ở một số loài, cá bột không có dạ dày chức năng nhưng chỉ có ống tiêu hóa ngắn với một ít hệ enzym chức năng vào lúc mới bắt đầu ăn ngoài. Do vậy, các loài cá bột này sẽ phải phụ thuộc vào nguồn thức ăn: (1) dễ tiêu hóa (thức ăn phải chứa lượng lớn acid amin tự do và oligopeptide thay vì các phân tử protein phức khó tiêu hóa), (2) chứa hệ enzym chức năng cho phép sự thủy phân (tự phân hủy hạt thức ăn), và (3) cung cấp đầy đủ tất cả các chất dinh dưỡng cần thiết đòi hỏi bởi cá bột.
Thức ăn nhân tạo thường không đáp ứng được các nhu cầu này và thường dẫn đến tăng trưởng chậm và tỉ lệ sống thấp ở một số loài cá. Trong khi đó, thức ăn tự nhiên hầu như đáp ứng tất cả các tiêu chí cần thiết của cá ở gian đoạn này. Tuy nhiên, để cá có thể bắt được thức ăn, trước hết nó phải được phát hiện và vì thế mức độ phát triển của các cơ quan cảm giác như cơ quan tiếp nhận ánh sáng (mắt), tiếp nhận hóa học (cơ quan khứu giác, nụ vị giác) và tiếp nhận cơ học (đường bên) là yếu tố quyết định. Ví dụ như mắt của cá bột thường chỉ có tế bào hình nón trong võng mạc làm cho khả năng nhìn kém, trong khi đó mắt của cá giống có tế bào hình que với nhiều sắc tố thị giác trong võng mạc. Hơn nữa, sinh vật thức ăn tự nhiên thường có mức tương phản tốt hơn thức ăn nhân tạo và nói chung có tác động kích thích do sự chuyển động liên tục giúp tăng khả năng nhận biết bởi cá bột. Tương tự, hoạt động bơi lội của sinh vật thức ăn tự nhiên thường đảm bảo sự phân bố thức ăn đều trong tầng nước, tăng cơ hội bắt gặp thức ăn của cá bột đang trong giai đoạn phát triển với khả năng di chuyển chậm chạp.
Trong các ao nuôi thủy sản, khẩu phần ăn tự nhiên của hầu hết các loài cá, giáp xác và thân mềm rất đa dạng bao gồm nhiều loài tảo khác nhau (tảo khuê, tảo lục, tảo có roi…) và các nhóm động vật phù du (luân trùng, giáp xác râu ngành, giáp xác chân chèo, ấu trùng mười chân….). Đối với các thủy vực nước ngọt, luân trùng (nhất là giống Brachionus) và trứng nước (giống Moina) là các nhóm thức ăn tự nhiên chiếm mật độ cao và là nguồn thức ăn quan trọng của cá ở giai đoạn sau khi nở.
Tảo
Tảo là mắt xích đầu tiên trong chuỗi thức ăn của thủy vực và là nguồn thức ăn rất quan trọng đối với các giai đoạn đầu của nhiều loài cá, giáp xác và hai mảnh vỏ. Hiện nay có trên 40 loài tảo khác nhau đã được phân lập và gây nuôi trên thế giới, trong đó một số giống loài được sử dụng rất phổ biến trong sản xuất giống các đối tượng hải sản bao gồm tảo khuê Skeletonema costatum, Thalassiosira pseudonana, Chaetoceros gracilis, C. calcitrans, tảo có roi Isochrysis galbana, Tetraselmis suecica, Monochrysis lutheri và tảo lục Chlorella spp.
Luân trùng (Rotifera)
Với các đặc điểm như kích thước nhỏ (100-500µm), bơi lội chậm, chịu đựng tốt các yếu tố môi trường, tốc độ sinh sản nhanh, luân trùng trở thành một trong những loại thức ăn tự nhiên ban đầu quan trọng của nhiều loài tôm, cá khác nhau. Luân trùng nước lợ Brachionus plicatilis được sử dụng ở giai đoạn đầu của trên 70 loài cá biển và 18 loài giáp xác. Rất nhiều tác giả đã chứng minh rằng giới hạn trong sản xuất và ương giống của nhiều loài tôm, cá phần lớn liên quan đến việc hạn chế nguồn luân trùng. Luân trùng nước ngọt Brachionus angularis là thành phần thức ăn quan trọng cho các loài cá bột nước ngọt như cá bống tượng, thát lát… Kết quả nghiên cứu trên cá bột bống tượng từ 1-10 ngày tuổi cho thấy nếu cá được cho ăn luân trùng (B. angularis) thì tỉ lệ sống cao hơn đáng kể (35%) so với cho ăn bột đậu nành và lòng đỏ trứng (19%) (Trương Ngô Bích Ngọc, 2010).
Trứng nước (Moina sp.)
Trứng nước thuộc nhóm giáp xác râu ngành (Cladocera) là thành phần động vật phù du chủ yếu trong các ao nuôi thủy sản nước ngọt. Trứng nước được sử dụng phổ biến trong ương nuôi rất nhiều loài cá khác nhau ở giai đoạn từ cá hương lên cá giống như cá trê, cá tra, cá lóc, cá rô… Trong ao mật độ trứng nước thường cao hơn ngoài thủy vực nước chảy, nhất là ở các ao được bón phân trước đó.
Giáp xác chân chèo (Copepoda)
Giáp xác chân chèo trong môi trường nước mặn phần lớn là các giống loài thuộc bộ Calanoida là thành phần thức ăn chủ yếu (>70%) trong ống tiêu hóa của hầu hết các loài cá biển. Trong môi trường nước ngọt, các giống loài thường gặp thuộc bộ Cyclopoida như Cyclops, Eucyclops… cũng là thành phần thức ăn quan trọng cho cá con.
Tóm lại, thức ăn tự nhiên rất cần thiết và quan trọng đối với cá con từ giai đoạn phát triển cá bột lên cá giống do kích thước và giá trị dinh dưỡng thích hợp của chúng. Tận dụng nguồn thức ăn tự nhiên làm thức ăn cho cá con bằng cách bón phân gây màu nước trước khi thả giống sẽ giúp gia tăng chất lượng cá giống và năng suất cá nuôi.