Dự kiến trong năm 2018 trung tâm đưa vào hoạt động, góp phần nâng cao năng lực cung cấp con giống thủy sản chất lượng cao cho địa phương và các tỉnh trong vùng ĐBSCL. Cần Thơ hiện có vùng nuôi thủy sản trên 51.800 ha (chiếm trên 36% diện tích tự nhiên) và 1 trung tâm giống cây trồng - vật nuôi - thủy sản cùng với 113 cơ sở SX kinh doanh giống thủy sản. Trong đó có 43 cơ sở giống tôm càng xanh, tôm sú, tôm thẻ chân trắng và 70 cơ sở SX cá giống các loại như: cá tra, cá thát lát, rô đồng, trê lai, rô phi, chép, sặc rằn…
Quy mô SX các cơ sở trên 50 m3 chiếm trên 65%, với sản lượng trung bình 1 triệu con/10 m3/năm. Năm 2017 TP Cần Thơ đạt sản lượng giống hơn 1,4 triệu cá bột các loại; 1.212 triệu cá giống các loại và 990 triệu tôm post. Trong đó có 4 cơ sở SX giống tôm càng xanh toàn đực theo công nghệ Israel với 66 triệu ấu trùng và 13 triệu tôm post.
Riêng giống cá tra, trong khuôn khổ dự án chuyển giao công nghệ SX giống có chất lượng di truyền cao và tính trạng tăng trưởng của Bộ NN-PTNT, từ năm 2011 đến nay Cần Thơ tiếp nhận 10.500 con cá tra hậu bị chất lượng cao từ Viện NC Nuôi trồng thủy sản II. Năm 2018 có 2 cơ sở tiếp nhận thêm 6.000 con cá tra bố mẹ chất lượng cao để cải thiện tính trạng tăng trưởng và tính kháng bệnh.