Theo dự thảo Báo cáo, các công trình thủy điện trên dòng chính sông Mê Kông có tác động tiềm tàng đến đa dạng sinh học, khiến cho khoảng 10% các loài cá trên sông Mê Kông khu vực phía Nam Campuchia và Việt Nam (50 - 64 loài cá) có khả năng bị tuyệt diệt. Ít nhất 5 loài đặc hữu của sông Mê Kông có khả năng bị tuyệt chủng, trong đó có loài cá heo sông Mê Kông. Điều này dĩ nhiên có tác động tiêu cực đến nghề cá ở Việt Nam, với 40% số loài cá trắng (33 loài) rất dễ bị tổn thương. Mặc dù vậy, sự thay đổi về sản lượng nuôi trồng cá da trơn (cá tra, ba sa) được đánh giá là không lớn; mất mát về diện tích rừng ngập mặn để nuôi tôm cũng không đáng kể.
Tác động đến trồng trọt do giảm tải lượng phù sa, bùn cát cũng đã được ước tính, dao động ở mức sụt giảm khoảng 2,3 - 2,4% lúa gạo vào 10% ngô tại Việt Nam và còn cao hơn ở Campuchia, tùy theo kịch bản xây dựng thủy điện.
Tại hội thảo, đại diện Hội Đập lớn Việt Nam lưu ý, trên dòng chính sông Mê Kông chủ yếu xây dựng đập dâng, dung tích hồ chứa không lớn, nhưng trên các dòng nhánh có rất nhiều hồ chứa lớn với dung tích từ 500 triệu đến hàng tỷ mét khối; nếu tính đến sự cộng hưởng của các công trình thủy điện trên dòng nhánh thì tác động đến toàn bộ hoạt động của nền kinh tế quốc dân sẽ còn to lớn hơn nhiều và đây là điều không thể không quan tâm.