Một trong những yêu cầu trước tiên của nghề nuôi tôm nước lợ là cải tạo ao nuôi. Đây là bước khởi động đầu tiên trong quy trình nuôi tôm nước lợ, mà người nuôi phải đầu tư chi phí khá lớn trước khi thả giống. Hiện nay nhiều hộ nuôi tôm đang có tư tưởng giữ lại nước cũ để nuôi tiếp tục, mà không cần cải tạo lại ao nuôi để hạn chế chi phí đầu vào, đồng thời hạn chế lấy nước từ kênh rạch vào ao nuôi để phòng ngừa mầm bệnh thâm nhập từ môi trường bên ngoài. Đây là suy nghĩ, là cách làm chưa có cơ sở khoa học, bởi mức độ ô nhiễm môi trường ao nuôi sau mỗi vụ nuôi là rất lớn, có thể tận dụng nguồn nước cũ nhưng cần phải được cải tạo lại nền đáy ao ,thì khả năng tồn trữ các chất cặn bã mới được xử lý, có thể tránh được tình trạng khí độc phát sinh trong quá trình nuôi khi áp lực ô nhiễm đáy ao ở mức nghiêm trọng.
Cải tạo ao nuôi trước khi thả giống là yêu cầu rất cơ bản trong quy trình nuôi tôm nước lợ. Ao được cải tạo tốt sẽ hạn chế mẩm bệnh tồn lưu trong đất của vụ nuôi trước, kết hợp với các biện pháp nuôi nước, xử lý nước để thả giống sẽ giảm được thiệt hại do ao nuôi không còn mầm bệnh. Ao nuôi cải tạo sơ sài, không cải tạo có thể chưa ảnh hường đến tôm, nhưng khi điều kiện thời tiết thuận lợi thì mầm bệnh sẽ phát triển và tôm nuôi sẽ bị thiệt hại. Theo nhận định của các nhà khoa học, thì bệnh đốm trắng, hoại tử gan tụy cấp đang tồn lưu ở hầu hết các vùng nuôi, chưa có thuốc đặc trị nên biện pháp phòng ngừa là cơ bản, trong đó xử lý triệt để mầm bệnh trong ao nuôi được khuyến cáo là giải pháp phòng ngừa hữu hiệu nhất hiện nay.
Biện pháp cải tạo ao đối với anh Dương Hồng Sương ở xã Vĩnh Hải, thị xã Vĩnh Châu được ngành chuyên môn đánh giá là đảm bảo kỹ thuật sên vét nền đáy ao và nuôi an toàn dịch bệnh. Nền đáy ao sẽ được nạo vét sạch những vết bùn còn tồn lưu bằng cách kiểm tra mặt đáy ao đến khi không còn những vết bùn đen len lõi trong đất mới đạt yêu cầu. Anh Sương thành công từ vụ nuôi năm 2012 nhờ làm tốt khâu xử lý ao và áp dụng biện pháp nuôi an toàn tuyệt đối từ xử lý hóa chất trước khi ra vào ao nuôi, hệ thống ao được rào chắn chặt chẻ để chống thâm nhập của các vật chủ trung gian có thể mang mẩm bệnh vào ao nuôi. Biện pháp nuôi khép kín đã hạn chế thấp nhất rủi ro cho nông dân, người nuôi không nên chủ quan, nhất là trong khâu cải tạo ao nuôi.
Tình trạng sử dụng nước để nuôi nhiều vụ trong năm tính rủi ro rất cao, có thể thành công do yếu tố thời tiết thuận lợi nhưng ở thời điểm thời tiết biến động cao, thích hợp để mầm bệnh phát triển thì tôm nuôi lập tức bị thiệt hại. Biện pháp nuôi tôm cùng nguồn nước qua nhiều vụ đã được ngành chuyên môn khuyến cáo hạn chế do khả năng bùng phát bệnh, hoặc sẽ xảy ra các hiện tượng tôm đen mang, đóng rong… do môi trường đáy ao bẩn mà không được nạo vét.
Cuối vụ nuôi năm 2013, tình trạng sử dụng nước cũ để nuôi nhiều vụ trong năm diễn ra ở hầu hết các vùng nuôi và tỉ lệ thiệt hại rất cao, nhiều hộ nuôi tôm ở Vĩnh Châu, Mỹ Xuyên cũng bị thiệt hại nặng nề khi thời tiết biến động. Đây cũng là vấn đề mà người nuôi cần rút kinh nghiệm. Ông Trần Văn Trung ở Phường Khánh Hòa, thị xã Vĩnh Châu cho biết: Cuối vụ vừa rồi tình hình thiệt hại là rất lớn nên chúng tôi hết sức lo lắng. Như ở phường này mức độ thiệt hại trên 80%. Vụ đầu thành công nhưng nuôi lại thì thu hoạch chẳng được bao nhiêu. Năm nay tôm thẻ có giá nên tôi thấy nhiểu hộ giữ nước lại để thả giống, tuy nhiên cũng có rất nhiều hộ nuôi được 10 ngày, 20 ngày thì tôm cũng bị thiệt hại, tôi thấy tình hình vẫn còn rất nhiều nguy hiểm.
Ngành Nông Nghiệp Sóc Trăng khuyến cáo người nuôi tôm nên ứng dụng tốt các quy trình nuôi an toàn dịch bệnh, nuôi tuần hoàn để hạn chế rủi ro do nguồn nước, do các vật chủ trung gian có thể mang mẩm bệnh vào ao nuôi, trong đó cải tạo ao nuôi tôm là yêu cầu cần thiết nhất trong quy trình trước nguy cơ dịch bệnh có thể bùng phát làm ảnh hưởng đến tôm nuôi. Đối với quy trình nuôi thâm canh, bán thâm canh bà con làm rất tốt các biện pháp kỹ thuật, riêng hộ nuôi quảng canh, nuôi tôm theo quy trình luân canh tôm lúa vẫn còn chủ quan, ao nuôi cải tạo chưa chặt chẻ, đây là điều kiện, là cơ hội để mầm bệnh phát sinh. Thạc sĩ lâm Ánh Tiên, Phó Phòng kỹ thuật Trung Tâm khuyến nông Sóc Trăng có những lưu ý: Nhận định về tình hình bệnh đốm trắng, bệnh gan tụy cấp có thể phát sinh nên biện pháp phòng ngừa là rất quan trọng. Phòng bệnh cho tôm phải cần đến nhiều biện pháp đồng bộ như cải tạo ao kỹ, chọn giống,…tuy nhiên khâu cải tạo ao nuôi có ý nghĩa rất lớn để xử lý triệt để mầm bệnh trong ao nuôi.
Năm 2014, Sóc Trăng phấn đấu giảm tỉ lệ tôm nuôi bị thiệt hại xuống dưới 20%. Để đạt mức độ thành công đó thì người nuôi cần lưu ý đến các biện pháp nuôi an toàn, cải tạo ao chặt chẻ, chọn lựa giống nghiêm ngặt hơn để giảm rủi ro. Ngành Nông Nghiệp khuyến cáo bà con nên thận trọng ở từng khâu, chọn thời điểm thả giống thích hợp, nên áp dụng biện pháp thả thăm dò, chú ý đến điều kiện như điện, nguồn nước đối với nuôi tôm thẻ chân trắng.