Theo Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn), từ năm 2016, Cục đã triển khai thí điểm thực hiện 2 thủ tục hành chính gồm: “Cấp chứng thư cho lô hàng thủy sản xuất khẩu sản xuất tại cơ sở trong danh sách ưu tiên” và “Kiểm tra, cấp chứng thư cho lô hàng thủy sản xuất khẩu sản xuất tại cơ sở ngoài danh sách ưu tiên” đối với các lô hàng thủy sản xuất khẩu sang thị trường Hàn Quốc, Trung Quốc trên hệ thống một cửa quốc gia.
Theo NAFIQAD, năm 2020, các Trung tâm vùng đã xử lý được 31.892 hồ sơ đăng ký giấy và trực tuyến qua hệ thống một cửa quốc gia và cấp gần 18.744 chứng thư, đạt 58%.
Tỷ lệ cấp chứng thư vào thị trường Trung Quốc, Hàn Quốc còn thấp do việc cấp chứng thư cho các lô hàng thủy sản sống xuất sang Trung Quốc chưa thực hiện được trên hải quan một cửa (nội dung này đang được nâng cấp trong năm 2020), trong khi đó từ đầu năm đến nay, tỷ lệ các lô hàng thủy sản sống xuất sang Trung Quốc chiếm khoảng gần 50%.
Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản đã phối hợp với Tổng cục Hải quan và Tập đoàn Công nghiệp - Viễn thông quân đội (Viettel) đưa vào áp dụng phần mềm cấp giấy chứng nhận an toàn thực phẩm cho lô hàng xuất khẩu sang 5 thị trường mở rộng Brazil, Argentina, New Zealand, Panama và Indonesia chính thức từ 17/10/2020. Hiện phần mềm chưa ổn định, còn nhiều lỗi kỹ thuật, Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản đang phối hợp với Viettel và Tổng cục Hải quan để xử lý các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện.
Bên cạnh đó, Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản tiếp tục chỉ đạo áp dụng việc cấp giấy chứng nhận cho các lô hàng thủy sản xuất khẩu vào thị trường châu Âu (EU) qua hệ thống TRACES - Hệ thống website cấp chứng nhận an toàn thực phẩm và an toàn dịch bệnh điện tử cho động vật và các sản phẩm có nguồn gốc từ động vật giữa các nước trong EU và các nước từ bên ngoài EU.
Đến hết tháng 11/2020, đã cấp 16.622 chứng thư/20.830 hồ sơ đăng ký (giấy và trực tuyến) đối với các lô hàng thủy sản xuất khẩu vào thị trường EU qua hệ thống này, đạt gần 80%.
Tỷ lệ này chưa đáp ứng yêu cầu do EU thực hiện chuyển đổi phần mềm, một số mặt hàng không cấp được chứng thư qua hệ thống này do thiếu trường thông tin khai báo. Cục này đang phối hợp với cơ quan thẩm quyền của EU để hoàn thiện hệ thống.