Theo Quyết định 2234, định hướng phát triển nuôi trồng thủy sản theo hướng bền vững, gắn với bảo vệ môi trường, phát triển du lịch và giải quyết việc làm. Xây dựng Ninh Thuận trở thành Trung tâm sản xuất giống thủy sản nước mặn, lợ của quốc gia; đảm bảo đáp ứng từ 25-30% nhu cầu con giống thủy sản nước mặn, lợ của cả nước, trong đó có từ 50-60% có con giống thủy sản chất lượng cao. Phát triển giống thủy sản theo hướng đa dạng các đối tượng nuôi, trong đó tập trung sản xuất các đối tượng chủ lực, có lợi thế cạnh tranh và có thị trường tiêu thụ lớn như: tôm sú, tôm chân trắng, các loài nhuyễn thể và một số loài cá biển có giá trị kinh tế, đảm bảo nhu cầu nguyên liệu phục vụ công nghiệp chế biến. Khôi phục lại các khu vực trồng rừng ngập mặn để cải thiện môi trường vùng nuôi.
Mục tiêu, phấn đấu đến năm 2015 diện tích nuôi trồng thủy sản đạt 2.126 ha, trong đó diện tích nuôi tôm 1.266 ha. Tổng sản lượng nuôi trồng thủy sản 19.068 tấn, trong đó sản lượng tôm 9.019 tấn. Đến năm 2020, diện tích nuôi trồng thủy sản 2.354 ha, trong đó diện tích nuôi tôm 919 ha. Tổng sản lượng nuôi trồng thủy sản 23.737 tấn, trong đó sản lượng tôm 11.575 tấn.
Sản xuất giống, đến năm 2015 sản lượng con giống được 17,2 tỷ con, gồm: 16,5 tỷ con tôm giống (11,5 tỷ tôm chân trắng và 5 tỷ tôm Sú); giáp xác khác 0,1 tỷ con; giống nhuyễn thể 0,5 tỷ con; giống loài cá biển 0,01 tỷ con; giống cá nước ngọt 0,1 tỷ con. Đến năm 2020, sản lượng con giống 21,2 tỷ con, gồm: 20 tỷ con tôm giống (14 tỷ tôm chân trắng và 6 tỷ tôm sú); giống các loài giáp xác khác 0,2 tỷ con; giống nhuyễn thể 0,7 tỷ con; giống loài cá biển 0,02 tỷ con; giống cá nước ngọt 0,28 tỷ con.
Đối với cơ sở sản xuất giống: Có 40% cơ sở giống đáp ứng tiêu chí Thực hành sản xuất nông nghiệp tốt ở Việt Nam (VietGAP), trong đó có 10% cơ sở đạt tiêu chuẩn Thực hành nông nghiệp tốt toàn cầu (GlobalGAP).
Quy hoạch cũng nêu ra các nhóm giải pháp về cơ chế, chính sách; nhóm giải pháp cơ sở hạ tầng, giải pháp bảo vệ môi trường, giải pháp khoa học công nghệ và đào tạo nguồn nhân lực, khuyến ngư; giải pháp tiêu thụ sản phẩm và giải pháp về vốn đầu tư.