Sở NN&PTNT kịp thời tham mưu đề xuất UBND tỉnh những nội dung thuộc thẩm quyền giải quyết của tỉnh; đồng thời tổ chức hướng dẫn các địa phương và cơ sở nuôi thực hiện tốt lịch thời vụ đã ban hành, thực hành nuôi trồng thủy sản theo quy trình (VietGap) và có giải pháp xử lý nước thải; xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm về việc xả nước thải trong sản xuất tôm giống, nuôi tôm mặn lợ chưa qua xử lý ra ngoài môi trường; UBND các địa phương phối hợp với Sở NN&PTNT, các cơ quan chức năng của tỉnh trong việc quản lý, kiểm tra, giám sát các cơ sở sản xuất, kinh doanh giống tôm mặn lợ trên địa bàn nhằm phát hiện kịp thời, xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm.
Bên cạnh đó, cần quản lý, giám sát chặt chẽ việc sử dụng đất và diện tích mặt nước đưa vào nuôi trồng thủy sản theo quy hoạch đã được phê duyệt; khuyến khích thành lập, củng cố, phát triển các tổ chức quản lý cộng đồng tại các vùng nuôi; thực hiện tốt các biện phòng, chống dịch bệnh. Nếu các hộ mua giống tại các cơ sở không tuân thủ các quy định của Nhà nước cũng như để xảy ra thiệt hại sẽ không được Nhà nước hỗ trợ mà còn phải chịu xử lý theo quy định hiện hành.