Hệ sinh thái động, thực vật biển ở đây vô cùng phong phú. Theo thống kê trên thế giới có khoảng 2.000 loài san hô và 1.500 loài sinh vật biển.
Hòn Mun có rạn san hô và hệ sinh vật biển đa dạng, đây là khu bảo tồn biển đầu tiên và duy nhất của Việt Nam hiện nay, đã được Quỹ Động vật hoang dã Thế giới (WWF) đánh giá là khu vực đa dạng sinh học biển bậc nhất ở Việt Nam. Dưới đáy biển, ở độ sâu 10m, là nơi tập hợp của những rạn san hô cùng với rất nhiều loại cá đủ màu sắc và chủng loại.
Một loài dương sỉ.
Cá mao tiên
Cá thiên thần
Cá lưỡi dao
S
Sâu cây thông
Mực nang