Theo quy định này, những tuyến sông, kênh, rạch liên quan đến phạm vi từ hai đơn vị hành chính cấp phường/xã trở lên thì phân cấp cho chính quyền địa phương cấp quận/huyện; những tuyến sông, kênh, rạch liên quan đến phạm vi từ hai đơn vị hành chính cấp quận/huyện trở lên thì phân cấp cho các sở, ngành, đơn vị của thành phố; những tuyến sông, kênh, rạch liên quan đến phạm vi giữa TP Hồ Chí Minh với các tỉnh lân cận thì thuộc thẩm quyền giải quyết của cơ quan nhà nước cấp Trung ương; trừ trường hợp các tuyến sông, kênh, rạch được Trung ương ủy quyền cho thành phố quản lý.
Cũng trong quy định này, UBND TP Hồ Chí Minh còn phân cấp quản lý, khai thác theo chức năng của các tuyến sông, kênh, rạch gồm: tiêu thoát nước; giao thông thủy; cấp nước tưới tiêu phục vụ sản xuất nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản, phát triển rừng, sản xuất muối nhằm khai thác tối đa chức năng phục vụ của các tuyến sông, kênh, rạch.
Đối với các tuyến đường thủy nội địa địa phương, UBND TP Hồ Chí Minh giao Khu Quản lý Đường thủy nội địa thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp quản lý, khai thác, vận hành theo thẩm quyền được giao. Đối với các tuyến đường thủy nội địa quốc gia; tuyến đường thủy nội địa chuyên dùng và tuyến hàng hải, UBND thành phố giao Sở Giao thông - Vận tải phối hợp với các đơn vị liên quan của Bộ Giao thông - Vận tải tổ chức quản lý theo thẩm quyền được giao.