Tuy nhiên, các cơ sở này đều nhỏ lẻ, gần 60% sản xuất theo mùa vụ hoặc chỉ lấy bột về ương rồi cung cấp cá giống cho các cơ sở nuôi cá tra thương phẩm trong tỉnh, gần 25% các cơ sở kinh doanh giống, còn lại do một số cơ sở tự ương dưỡng để phục vụ nuôi thương phẩm (chủ yếu là các công ty, doanh nghiệp có vùng nuôi lớn).
Với 3 cơ sở cá tra bột hiện có, năng lực sản xuất khoảng 1,5 tỷ cá bột/năm, thì hiện chỉ cung cấp khoảng 20- 30% nhu cầu giống cho các cơ sở nuôi thương phẩm trong tỉnh, phần lớn con giống còn lại phải nhập từ các tỉnh lân cận như: An Giang, Đồng Tháp, Tiền Giang, Cần Thơ...
Do con giống khó kiểm soát về nguồn gốc và chất lượng nên chất lượng giống không đảm bảo, ảnh hưởng rất lớn đến hiệu quả nuôi thời gian qua.
Cũng theo Chi cục Thủy sản, giải pháp để khắc phục tình trạng này cần có các chính sách hỗ trợ, khuyến khích các cơ sở sản xuất giống tham gia sản xuất cá tra bột; khuyến khích các doanh nghiệp có năng lực tiếp tục đầu tư nghiên cứu cải thiện chất lượng con giống, nghiên cứu các quy trình ương giống ứng dụng công nghệ cao.