Theo báo cáo của Tổng cục Thủy sản, năm 2015 sản lượng nuôi trồng thủy sản đạt 3,53 triệu tấn; diện tích nuôi trồng là 1,28 triệu ha. Tuy nhiên, nghề nuôi trồng thủy sản cũng đang phải đối mặt với rất nhiều khó khăn như thời tiết không thuận lợi, giá cả không ổn định đặc biệt là môi trường bị ô nhiễm và suy thoái.
Theo báo cáo môi trường quốc gia năm 2012 của Bộ Tài nguyên và Môi trường về hiện trạng nước mặt lục địa cho thấy chất lượng môi trường nước mặt đã và đang bị suy giảm cụ thể như sau:
Lưu vực sông Kỳ Cùng - Bằng Giang, Ka Long Các năm gần đây chất lượng nước sông bị giảm sút đáng kể. Kết quả phân tích cho thấy các thông số TSS, COD, BOD5 , NH4+, NO2 - , Fe, Mn, Coliforms đều vượt quá QCVN loại A2, chỉ đạt nguồn nước loại B (Sở TN&MT Lạng Sơn, 2010).
Sông Hồng đoạn qua Phú Thọ, Vĩnh Phúc có giá trị các thông số COD, BOD5 và TSS đều vượt QCVN A1, có những điểm các thông số COD, BOD5 và TSS đều vuợt QCVN B1 từ 1,5 đến trên 2 lần (Việt Trì, Phú Thọ).
Lưu vực sông Nhuệ - Đáy: Môi trường nước mặt của lưu vực sông Nhuệ - Đáy đã bị ô nhiễm tới mức báo động, vào mùa khô, giá trị các thông số BOD5 , COD, TSS... tại các điểm đo đều vượt QCVN 08:2008/ BTNMT loại A1 nhiều lần.. Tại Ninh Bình có những điểm đo (cầu Khuất, cầu Non Nước và nhà máy đạm Ninh Bình)
Lưu vực hệ thống sông Đồng Nai, mức độ ô nhiễm dinh dưỡng khá cao. Nồng độ NH4 + tại tất cả các điểm quan trắc đều vượt giá trị giới hạn theo QCVN 08:2008, loại A1, đặc biệt tại vị trí Cầu Ông Buông, giá trị luôn ở mức cao trong nhiều năm.
Chất lượng nước mặt vùng ĐBSCL đã và đang bị ô nhiễm, các thông số thể hiện mức ô nhiễm chính như pH, DO, COD, BOD5 , NH4+, Coliform tổng số đều biến đổi không ổn định và vượt quy chuẩn QCVN 08:2008/BTNMT mức B1. Nguồn nước sông Vàm Cỏ Đông ô nhiễm vi sinh ở mức cao.
Hệ thống hồ: Hệ thống hồ tự nhiên lớn, hồ thủy lợi, thủy điện có chất lượng nước đảm bảo, có thể sử dụng cho sinh hoạt. Chất lượng môi trường nước tại các hồ chứa, công trình thủy lợi hoặc công trình đa mục đích về cơ bản vẫn đáp ứng cho nhu cầu nước sử dụng trong sinh hoạt, tuy nhiên chất lượng môi trường nước của một số hồ đã bị ô nhiễm tại một số thời điểm trong năm.
Nước biển và ven biển, theo báo cáo của Bộ Tài nguyên và môi trường (2014), môi trường biển đã và đang bị ô nhiễm. Hiện tượng thủy triều đỏ xuất hiện với tần xuất tăng dần và trải rộng khắc các vùng. Hiện tượng thủy triều đỏ thường xuất hiện mỗi năm 1 lần, vào khoảng từ tháng 3 đến tháng 8 hàng năm, cao điểm nhất là tháng 7 và tháng 8 khi có hiện tượng nước trồi cuối mùa khô và đầu mùa mưa và nguyên nhân là do môi trường nước bị ô nhiễm.
Thủy sinh vật nói chung, thủy sản nói riêng là một trong những chỉ thị sinh học của môi trường nước. Thủy sản rất nhạy cảm với những thay đổi của các thông số môi trường nước như O2, BOD, COD, H2S, N tổng, P tổng…(hàm lượng ôxy (O2) thấp dưới 4mg/l có thể làm tôm nổi đầu dạt vào bờ (hiện trượng tôm ngất)). Ô nhiễm đã làm thay đổi điều kiện môi trường sống trong các hệ sinh thái, khiến cho các loài sinh vật không thể duy trì sự sống đẩy môi trường vào tình trạng khắc nghiệt đối với tập tính sinh thái của các loài và quần thể . Do đó, những thay đổi các thông số trong môi trường ảnh hưởng rất lớn đến năng suất, sản lượng của thủy sản nuôi hoặc nặng hơn có thể gây lên hiện tượng tôm cá chết hàng loạt.
Trong 3 ngày từ 13-17/3/2009, thông tin từ Tổng cục Môi trường (2010) cho thấy hàng chục tấn cá đã chết nổi trắng trên sông Nhuệ, đoạn từ khu vực Mễ Trì (huyện Từ Liêm) đến quận Hà Đông (Hà Nội) kéo dài khoảng 7 km. Tháng 6/2010, Phường Lam Hạ, Phủ Lý, Hà Nam tổng khối lượng cá bị chết khoảng 27,5 tấn, Xã Châu Sơn (Duy Tiên) tổng số cá bị chết khoảng 45 tấn. (Nguồn: Tổng cục Môi trường, 2010)
Trong 3 ngày (từ 06 - 08/6/2010), đã xảy ra sự cố cá bè chết hàng loạt trên sông Đồng Nai lượng cá chết lên đến gần 55 tấn. Cá chết là do nguồn nước ô nhiễm bởi nhiều nhà máy xả nước thải ra sông.(Nguồn: Tổng cục Môi trường, 2010).
Tại nhiều địa phương ở ĐBSCL, tôm đã bị chết hàng loạt do ô nhiễm môi trường nước: Tại tỉnh Sóc Trăng bị thiệt hại đến trên 500 ha. Riêng tôm sú cũng bị thiệt hại hơn 30% (tháng 2, 3 năm 2012). Tại tỉnh Trà Vinh diện tích nuôi tôm nuôi bị chết trong khoảng 600 ha (chiếm 10% tổng diện tích nuôi). Tỉnh Cà Mau, diện tích nuôi trồng khoảng 3.500 ha, hơn 20% diện tích đó đã bị dịch bệnh. Đặc biệt, ở nhiều nơi như huyện Phú Tân, Đầm Dơi diện tích có tôm bị chết lên đến 50% diện tích thả nuôi. (Nguồn: Cổng thông tin điện tử địa phương: Sóc Trăng, Trà Vinh, Cà Mau, 2012).
Tháng 2 năm 2016, hàng trăm bè cá trên sông Cái Vừng (đoạn qua An Giang) đã bị chết trắng do ô nhiễm môi trường nước. Theo thống kê của huyện Phú Tân, có 87 bè cá của người dân bị chết, ước khoảng 100 tấn, huyện Hồng Ngự có 47 bè cá bị chết, thiệt hại hơn 20 tấn cá.
Tháng 5 năm 2016, hiện tượng cá chết hàng loạt trên sông Bưởi (đoạn chảy qua huyện Thạch Thành, tỉnh Thanh Hóa) và nguyên nhân chính là do xả thải của Công ty đường Hòa Bình. Theo thống kê, có 34 hộ dân nuôi cá lồng bị thiệt hại, với tổng số lượng cá chết là 17.555 kg.
Đặc biệt, tháng 4 năm 2016 thảm họa môi trường tại vùng biển miền Trung đã làm thủy sản từ Hà Tĩnh đến Thừa Thiên Huế chết hàng loạt. Nguyên nhân là do sự cố trong quá trình thi công, vận hành thử nghiệm tổ hợp nhà máy của Công ty Formosa Hà Tĩnh dẫn đến nước thải từ Công ty xả ra biển có chứa các độc tố phenol, xyanua... kết hợp với hydroxit sắt vượt quá mức cho phép, tạo thành một dạng phức hỗn hợp (Mixel), có tỷ trọng lớn hơn nước biển, theo dòng hải lưu di chuyển theo hướng Bắc-Nam từ Hà Tĩnh đến Thừa Thiên- Huế.
Hàng loạt cá, nghêu, sò, tôm ở vùng ven biển tỉnh Kiên Giang vào tháng 5 năm 2017 nguyên nhân cũng là do môi trường nước bị ô nhiễm.
Từ các hiện tượng đã diễn ra cho thấy, tần xuất, phạm vi và mức độ ảnh hưởng từ môi trường đến thủy sản ngày càng gia tăng, đây là một thách thức lớn trong phát triển nuôi trồng thủy sản. Những tác động từ môi trường đến thủy sản ảnh hưởng rất lớn đến sinh kế của người dân (các hộ nuôi trồng, đánh bắt, kinh doanh hải sản), sức khỏe, an ninh, chính trị của các vùng miền trên toàn quốc.
Người nuôi trồng thủy sản sẽ, đã và đang bị thiệt hại rất lớn về kinh tế và có thể mất hẳn kế sinh nhai vì không còn vốn hoặc môi trường bị hủy hoại không thể tiếp tục nuôi trồng hoặc đánh bắt thủy sản được. Sau vụ thảm họa môi trường biển miền Trung năm 2016 tại 4 tỉnh từ Hà Tĩnh đến Thừa Thiên Huế đã làm cho trên 60.000 hộ ngư dân sống phụ thuộc hoàn toàn vào nuôi trồng và đánh bắt thủy sản mất sinh kế. (Nguồn: Hội nghề cá 2016)
Trước thực trạng trên cần phải có các giải pháp đồng bộ và quyết liệt để bảo vệ môi trường và hạn chế rủi ro cho người nuôi thủy sản như sau:
Giám sát chặt chẽ việc thực thi pháp luật về bảo vệ môi trường trên toàn Quốc. Những nhà máy, khu công nghiệp đã và đang là nguy cơ quan trọng gây lên những thảm họa môi trường, do đó cần phải quản lý, giám sát công tác bảo vệ môi trường thường xuyên, liên tục và xử lý triệt để nếu sai phạm.
Nâng cao ý thức, trách nhiệm của toàn xã hội về bảo vệ môi trường thông qua tuyên truyền, giáo dục. Cần tuyên truyền để những người sản xuất, những người có “xả thải” phải giữ được chữ “tâm” với môi trường và với cộng đồng.
Thủy sản rất nhạy cảm với những thay đổi của môi trường, bất cứ sự thay đổi nào từ môi trường nước đều có thể gây lên dịch bệnh hoặc chết hàng loạt cho thủy sản. Do đó bảo vệ môi trường là vấn đề quan trọng và cốt lõi trong phát triển thủy sản.