Theo báo cáo của Vụ Khoa học Công nghệ và Môi trường, giai đoạn 2011 - 2015, Bộ NN&PTNT đã ban hành và triển khai có hiệu quả nhiều chương trình về môi trường trong NNNT như: kiểm soát, giảm thiểu các nguồn gây ô nhiễm, tác động xấu đến môi trường từ các hoạt động nông nghiệp; công tác tuyên truyền nâng cao nhận thức của người dân.
Kết quả bảo vệ môi trường trên các lĩnh vực nông nghiệp cũng có những chuyển biến nhất định. Như với ngành thủy sản, Bộ NN&PTNT đã từng bước hình thành mạng lưới quan trắc môi trường phục vụ nuôi trồng thủy sản và môi trường biển, nhằm đánh giá tác động của việc nuôi trồng thủy sản đến môi trường xung quanh và định hướng phát triển để đảm bảo môi trường luôn bền vững. Các đối tượng chủ lực thuộc dự án quan trắc môi trường là: tôm nước lợ, tôm hùm, ngao.
Báo động tình trạng ô nhiễm môi trường nông nghiệp, nông thôn
Bên cạnh sự phát triển, áp dụng KHKT vào nông nghiệp, vấn đề vệ sinh môi trường trong NNNT vẫn còn gặp nhiều hạn chế như: tình trạng tồn tại rác thải, tồn dư thuốc bảo vệ thực vật trong đất và nước, ô nhiễm tại các làng nghề, đội ngũ làm công tác môi trường còn thiếu và yếu.
Tại buổi tổng kết, nhiều chuyên gia cùng các vị đại biểu, đại diện cho ngành NNNT ở các địa phương đều cho rằng, nguyên nhân của tình trạng ô nhiễm môi trường NNNT là do nhận thức của người dân, người sản xuất chưa cao, chỉ chú trọng đến việc sản xuất chứ chưa quan tâm đến những tác động ảnh hưởng đến môi trường.
Bên cạnh đó, nhiều chính sách, cơ chế còn thiếu đồng bộ, hiệu quả kém, dẫn đến việc đầu tư phát triển bền vững môi trường NNNT chưa được quan tâm đúng mức, tạo nên tình trạng báo động về ô nhiễm môi trường NNNT, lâu dài ảnh hưởng đến đời sống người dân, ảnh hưởng đến sự phát triển bền vững của ngành nông nghiệp.