Tổng số thủ tục hành chính (TTHC) mà Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xác định và tiến hành rà soát là 105 TTHC với 3 nhóm quy trình cụ thể như sau: Nhóm từ nuôi trồng đến chế biến, xuất khẩu thủy sản; nhóm từ khai thác đến chế biến, xuất khẩu thủy sản; nhóm từ nhập khẩu nguyên liệu đến chế biến, xuất khẩu thủy sản. Theo kết quả rà soát, trong tổng số 105 TTHC được rà soát, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề nghị giữ nguyên: 38 TTHC; đề nghị đơn giản hóa: 67 TTHC (số TTHC đề nghị bãi bỏ, hủy bỏ: 13 TTHC; số TTHC đề nghị sửa đổi, bổ sung: 54 TTHC).
Phương án đơn giản hóa TTHC của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã đề ra một số giải pháp cải cách mạnh mẽ giúp cắt giảm TTHC không cần thiết, tạo thuận lợi cho sản xuất, kinh doanh thủy sản như: ghép nội dung khai báo kiểm dịch giống thủy sản với thủ tục kiểm dịch giống thủy sản nhập khẩu; thực hiện lồng ghép thủ tục kiểm dịch thủy sản, sản phẩm thủy sản xuất khẩu với thủ tục kiểm tra chất lượng thủy sản, sản phẩm thủy sản xuất khẩu; bãi bỏ một số thủ tục cấp phép nhập khẩu để khảo nghiệm, bãi bỏ thủ tục cấp chứng chỉ hành nghề sản phẩm xử lý, cải tạo môi trường dùng trong chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản; bãi bỏ thủ tục cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện vệ sinh thú y thủy sản lần đầu/kiểm tra lại/gia hạn và khi thay đổi địa điểm sản xuất, kinh doanh,…
Tuy nhiên, trên cơ sở kết quả nghiên cứu độc lập và ý kiến kiến nghị của các doanh nghiệp, Hội đồng tư vấn cải cách TTHC của Thủ tướng Chính phủ, ngày 13 tháng 6 năm 2016, Bộ Tư pháp đã có văn bản số 1952/BTP-KSTT đề nghị Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn nghiên cứu, cắt giảm thêm 30 TTHC không cần thiết, sửa đổi bổ sung 60 TTHC, nâng tổng số TTHC đề nghị đơn giản hóa là 103 (số thủ tục bãi bỏ là 43 TTHC; số đề nghị sửa đổi, bổ sung là: 60 TTHC) trong tổng số 105 TTHC rà soát, đồng thời cũng đề xuất bãi bỏ 11 thủ tục con phát sinh do quá trình chuẩn bị hồ sơ, giấy tờ, yêu cầu, điều kiện, điều kiện kinh doanh của chuỗi TTHC liên quan đến xuất khẩu thủy sản mà chưa được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thống kê.
Nội dung các phương án đơn giản hóa mà Bộ Tư pháp đề nghị bổ sung tập trung theo hướng như sau:
- Thay đổi cơ chế, phương thức quản lý nhằm cắt giảm các TTHC không cần thiết, nâng cao hiệu quả sản xuất, kinh doanh cho doanh nghiệp, gồm: thay thế phương thức quản lý thức ăn chăn nuôi thủy sản theo danh mục như hiện nay sang quản lý theo tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật, từ đó bãi bỏ các thủ tục cho phép nhập khẩu để khảo nghiệm, công nhận thức ăn chăn nuôi, đưa thức ăn vào danh mục được phép sản xuất, kinh doanh,…
- Đề nghị bãi bỏ các TTHC “con”; bãi bỏ hoặc gộp các bước không cần thiết trong quy trình thực hiện đối với thủ tục Thẩm tra hồ sơ đề nghị công nhận cơ sở đủ điều kiện khảo nghiệm, thử nghiệm; thủ tục Thẩm tra hồ sơ đề nghị khảo nghiệm, thử nghiệm; thủ tục Thẩm tra hồ sơ đăng ký công nhận, đăng ký lưu hành; thủ tục đăng ký kiểm dịch nhập khẩu; thủ tục đăng ký thương nhân,…
- Áp dụng phương pháp quản lý rủi ro với các thủ tục kiểm dịch, chứng nhận chất lượng cho thủy sản, sản phẩm thủy sản được sản xuất từ các cơ sở an toàn dịch bệnh, an toàn thực phẩm để miễn, giảm thực hiện các thủ tục này; áp dụng chế độ công nhận lẫn nhau đối với hàng hóa từ các quốc gia có điều kiện tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật tiên tiến, quy chuẩn kiểm tra an toàn thực phẩm bằng hoặc cao hơn Việt Nam,…
- Rà soát, đề xuất bãi bỏ các TTHC can thiệp sâu vào hoạt động sản xuất, kinh doanh, vi phạm quyền tự do kinh doanh, như: việc quy định thực hiện thủ tục đăng ký kiểm dịch phải được thực hiện trước khi chủ hàng ký kết hợp đồng với nhà xuất khẩu (Khoản 3, Điều 3 Thông tư số 06/2010/TT-BNNPTNT); Các thủ tục đăng ký xác nhận hợp đồng xuất khẩu cá tra...
- Nghiên cứu, đề xuất liên thông, ứng dụng công nghệ thông tin, quản lý phân hạng cơ sở để đổi mới cách thức thực hiện TTHC, như: liên thông thủ tục cấp chứng thư sản phẩm thủy sản xuất khẩu với thủ tục xác nhận nguyên liệu thủy sản khai thác; thủ tục chứng nhận thủy sản khai thác; thủ tục xác nhận cam kết sản phẩm thủy sản xuất khẩu có nguồn gốc từ thủy sản khai thác nhập khẩu; Bãi bỏ các thủ tục công nhận cơ sở đủ điều kiện vệ sinh thú y do lồng ghép với chứng nhận cơ sở an toàn vệ sinh thực phẩm; thực hiện dịch vụ công mức độ 3, 4 đối với thủ tục công nhận cơ sở đủ điều kiện khảo nghiệm,…
- Thực hiện xã hội hóa đối với hoạt động đánh giá cơ sở khảo nghiệm, các hoạt động kiểm tra, kiểm dịch chứng nhận chất lượng an toàn thực phẩm thủy sản, sản phẩm thủy sản, chất lượng con giống, chất lượng thức ăn thủy sản,...
Như vậy, chuỗi TTHC liên quan đến xuất khẩu thủy sản chỉ là một trong 3 nhóm rà soát trọng tâm lĩnh vực Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện tại Quyết định số 08/QĐ-TTg. Việc hoàn thành báo cáo phương án đơn giản hóa lĩnh vực này thể hiện quyết tâm của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trong việc cải cách TTHC, cắt giảm chi phí tuân thủ, tăng sức cạnh tranh, phục vụ thiết thực cho sự nghiệp phát triển kinh tế xã hội của đất nước nói chung và của đời sống người dân nói riêng.
Các nội dung đơn giản hóa của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cùng với việc bổ sung những sáng kiến cải cách trong kết quả rà soát độc lập của Bộ Tư pháp sẽ có tác động lớn trong việc tháo gỡ các rào cản trong sản xuất, kinh doanh ngành thủy sản, đặc biệt trong bối cảnh Việt Nam đang đứng trước những cơ hội, thách thức của việc hội nhập sâu vào kinh tế thế giới (TPP, ASEAN, FTA,…), cũng như yêu cầu tăng cường sức mạnh nội lực của nền kinh tế.