Trên diện tích còn lại, tôm bị chết do môi trường nước ô nhiễm. Theo tính toán của các chuyên gia, chỉ tính mức thất thu thấp nhất là 75 triệu đồng mỗi ha (tương đương 500 kg/ ha được nuôi theo hình thức quảng canh cải tiến, giá bán xô 150.000 đồng/kg), thì tổng mức thất thu năm 2012 gần 6.000 tỉ đồng.
Nhằm hạn chế đến mức thấp nhất tình trạng nêu trên trong thời gian tới, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn chỉ đạo ngành thuỷ sản các tỉnh ven biển ĐBSCL củng cố hệ thống thủy lợi phục vụ nuôi thủy sản, tăng cường kiểm soát chất thải, kiểm tra, siết chặt việc quản lý, kiểm soát con giống, hạn chế đến mức thấp nhất tình trạng đưa tôm giống kém chất lượng vào nuôi; chuyển một phần diện tích nuôi công nghiệp sang nuôi bán thâm canh hoặc quảng canh cải tiến tại những nơi nuôi tập trung nhưng không đủ nguồn nước sạch.
Các tỉnh vận động người nuôi không sử dụng chất diệt cá tạp bằng hóa chất cấm hoặc có nguồn gốc thuốc bảo vệ thực vật để xử lý môi trường ao nuôi, (trước hết là chất Cypermethrin và Deltamethrin) vì đây là những chất độc gây chết tôm, không tan trong nước, không phân hủy bởi ánh sáng mặt trời.
Các tỉnh tăng cường thanh tra, kiểm tra các cơ sở sản xuất, kinh doanh thuốc thú y thủy sản, thức ăn, sản phẩm xử lý, cải tạo môi trường trong nuôi trồng thủy sản, kịp thời phát hiện và ngăn chặn việc sử dụng các chất cấm sử dụng trong nuôi trồng thủy sản tại địa phương.
Kết quả phân tích chất lượng nước của cơ quan khoa học tại những khu vực tôm chết cho thấy nước tại các ao nuôi bị thiệt hại có hàm lượng của thuốc bảo vệ thực vật Cypermethrin, Deltamethrin là chất gây hoại tử gan, tụy ở tôm. Các chất này có thể từ kênh rạch vào ao hoặc có trong chất diệt cá tạp do người nuôi sử dụng. Đây là một trong những nguyên nhân làm tôm ngộ độc. Ngoài ra, tôm chết còn do người nuôi không tuân thủ lịch thời vụ, chưa tuân thủ qui định về quản lý môi trường (xả nước thải, bùn, tôm chết từ ao nuôi nhiễm bệnh ra môi trường), chất lượng con giống kém, quản lý sản xuất, kinh doanh thức ăn thuỷ sản, hoá chất, thuốc thú y chưa chặt chẽ, hạ tầng phục vụ nuôi tôm chưa đồng bộ./.