Trong ba năm, từ 2014-2016, các nhà khoa học của Viện Hải dương học Nha Trang sẽ hoàn thành văn bản đề xuất các khu vực phục hồi và tái tạo hệ sinh thái rạn san hô tại các vùng biển có tiềm năng của tỉnh. Qua đó hoàn thiện bộ tư liệu về đặc trưng hệ sinh thái rạn san hô và hiện trạng quản lý, sử dụng các khu vực được đề xuất.
Ngoài ra, Viện Hải dương học Nha Trang sẽ thực hiện hai mô hình phục hồi và tái tạo rạn san hô với sự tham gia của các doanh nghiệp hoạt động trên lĩnh vực du lịch.
Trước đây, trong giai đoạn năm 2006-2008, Viện Hải dương học Nha Trang đã thực hiện đề tài “Điều tra hiện trạng phân bố hệ sinh thái rạn san hô vùng biển ven bờ tỉnh Khánh Hòa làm cơ sở quy hoạch bảo vệ, phục hồi và sử dụng bền vững" cho tỉnh Khánh Hòa.
Vùng biển tỉnh Khánh Hòa có nhiều địa điểm tồn tại rạn san hô trong tự nhiên thuộc vịnh Vân Phong, vịnh Nha Trang, vịnh Cam Ranh, như Rạn Trào, Khải Lương, Hòn Lao, Bích Đầm, Hòn Mun, Vũng Me, Hòn Một, Trí Nguyên, Bình Ba...Tuy nhiên, một thời gian dài diễn ra tình trạng đánh mìn để bắt cá ở rạn san hô, khai thác trái phép san hô sống làm sinh vật cảnh, đồ mỹ nghệ và san hô chết cho mục đích chế biến vôi... đã làm suy giảm nghiêm trọng, thậm chí hủy diệt một số rạn san hô.
Từ năm 2001, tỉnh Khánh Hòa đã thành lập thí điểm khu bảo tồn biển rạn Trào nằm trong vịnh Vân Phong (thuộc huyện Vạn Ninh), tiếp đó thành lập khu bảo tồn biển Hòn Mun, nhằm từng bước khôi phục và tái tạo hệ sinh thái biển nói chung và các rạn san hô nói riêng.
Nhiều rạn san hô ở vùng biển Khánh Hòa đang trở thành địa điểm du lịch sinh thái, thu hút du khách trong và ngoài nước.
Trong giai đoạn năm 2006-2008, Viện Hải dương học Nha Trang cũng đã thực hiện đề tài “Điều tra hiện trạng phân bố hệ sinh thái rạn san hô vùng biển ven bờ tỉnh Khánh Hòa làm cơ sở quy hoạch bảo vệ, phục hồi và sử dụng bền vững" cho tỉnh Khánh Hòa./.