Tuy nhiên, khó khăn nhất hiện nay trong phát triển nuôi tôm công nghiệp ở tỉnh là hệ thống thủy lợi chưa đáp ứng nhu cầu và còn quá nhiều bất cập, không đồng bộ, nhưng thiếu vốn đầu tư xây dựng; nhiều nơi chưa xây dựng hệ thống cống ngăn mặn đê biển, nhiều vùng nuôi tôm công nghiệp chưa có hệ thống thủy lợi.
Hệ lụy là nguồn nước mặn bị suy giảm, ô nhiễm do mất khả năng làm sạch tự nhiên dẫn đến tôm nuôi dễ phát sinh dịch bệnh và chết chưa khắc phục được; năng suất nuôi tôm bình quân chỉ đạt trên dưới 10 tấn/ha/năm.
Ông Mai Anh Nhịn, Giám đốc Sở NN&PTNT tỉnh Kiên Giang, cho biết: Vốn đầu tư cho thủy lợi chung của tỉnh hàng năm từ các nguồn hơn 200 tỉ đồng, mới chỉ đáp ứng được khoảng 50 - 60% nhu cầu nạo vét kênh mương, thiếu vốn đầu tư xây dựng mới. Trong khi đó, để có hệ thống thủy lợi đồng bộ phục vụ trồng lúa, nuôi tôm cần hàng ngàn tỉ đồng, nguồn vốn này vượt khả năng của tỉnh.
Để khắc phục những khó khăn trên, vụ tôm năm 2013, tỉnh Kiên Giang tập trung cải tạo và xây dựng một số dự án công trình thủy lợi bức xúc, trọng điểm phục vụ nuôi tôm công nghiệp. Một số doanh nghiệp đầu tư hệ thống mương nổi để chủ động cung cấp nước sạch và thoát nước khi cải tạo ao đầm, nhằm hạn chế phát sinh dịch bệnh ở tôm.
Về lâu dài, Kiên Giang tiếp tục huy động các nguồn lực từng bước đầu tư xây dựng đồng bộ hệ thống thủy lợi mặn ở những vùng quy hoạch nuôi tôm công nghiệp. Trong đó, chú trọng đầu tư đường ống dẫn nước từ biển vào ao đầm nuôi tôm, đảm bảo có nguồn nước sạch, đầu tư lưới điện 3 pha, sản xuất con giống chất lượng cao gắn với tăng cường công tác kiểm tra, kiểm soát nguồn giống di nhập vào tỉnh…