Để các vùng nuôi thủy sản tập trung phát triển bền vững theo hướng sản xuất hàng hóa mang lại hiệu quả kinh tế cao, UBND huyện đã chỉ đạo Phòng NN và PTNT phối hợp với các phòng chuyên môn, căn cứ vào các quy hoạch sử dụng đất, quy hoạch phát triển sản xuất nông nghiệp và UBND các xã, thị trấn tổ chức rà soát, quy hoạch, chuyển đổi các diện tích đất trũng, sản xuất nông nghiệp khó khăn, làm muối kém hiệu quả sang nuôi thủy sản.
Với 32km bờ biển, huyện Hải Hậu có nhiều tiềm năng lợi thế để phát triển nuôi trồng thủy sản theo hướng sản xuất hàng hóa bền vững. Thực hiện Đề án "Tái cơ cấu ngành Nông nghiệp theo hướng sản xuất hàng hóa, nâng cao giá trị gia tăng và phát triển bền vững giai đoạn 2015-2020", đến nay huyện Hải Hậu đã phát triển được diện tích nuôi trồng thủy sản rộng 2.321ha (gồm 1.865ha nuôi nước ngọt và 456ha nước mặn lợ). Tổng sản lượng thủy sản năm 2017 của huyện đạt gần 13 nghìn tấn. Các diện tích nuôi đa số tập trung thành các vùng lớn như: vùng ven đê xã Hải Nam có diện tích 39ha; xã Hải Phúc có 32ha; xóm Hợp Thành, xã Hải Đông trên 30ha; xóm Tang Điền, xã Hải Chính trên 40ha; xóm Tây Bình, xã Hải Triều 15ha; xóm Hưng Thịnh, xã Hải Hòa 12ha...
Xã Hải Đông cũng quy hoạch vùng sản xuất nông nghiệp giai đoạn 2011-2020 và đặc biệt là xây dựng đề án tái cơ cấu ngành Nông nghiệp, xã đã quy hoạch gọn diện tích nuôi trồng thủy sản tập trung ở các xóm Đông Biên, Hợp Thành để phát triển vùng nuôi trồng thủy sản tập trung. Xã tạo điều kiện tối đa về mặt bằng, thủ tục hành chính, hỗ trợ tiếp cận nguồn vốn ưu đãi từ các tổ chức tín dụng, thường xuyên phối hợp với các sở, ngành chức năng của tỉnh, huyện tổ chức các lớp tập huấn kỹ thuật cho các hộ nuôi. Nhờ đó, từ chỗ chỉ nuôi quảng canh, nhỏ lẻ, bán công nghiệp, đến nay, vùng nuôi tôm thẻ chân trắng của xã Hải Đông đã được các hộ nuôi đầu tư quy mô, bài bản nên năng suất thường đạt 11 tấn/ha/năm; tổng sản lượng tôm thẻ chân trắng mỗi năm của xã đạt trên 400 tấn. Nhờ phát triển nuôi tôm công nghiệp, nhiều hộ trong xã như các ông: Nguyễn Văn Cường, Nguyễn Văn Hạo, Lê Văn Côi, Nguyễn Văn Lân, Lê Văn Đông... đã có khoản thu nhập từ vài trăm triệu đến trên 1 tỷ đồng/ha/năm. Tại xã Hải Nam, năm 2018 tổng diện tích nuôi trồng thủy sản đã đạt 62,88ha; trong đó, diện tích nuôi tôm nước lợ là 50,95ha, cá nước ngọt truyền thống là 11,93ha.
Người nuôi thủy sản nước ngọt đã từng bước chuyển từ nuôi quảng canh sang nuôi quảng canh cải tiến, kết hợp cho ăn bổ sung thức ăn công nghiệp. Hiện nay trên địa bàn huyện đã có 110ha nuôi trồng thủy sản nước ngọt kết hợp giữa nuôi tôm thẻ chân trắng với cá diêu hồng cho hiệu quả kinh tế cao. Một đối tượng nuôi nước ngọt khác cũng cho hiệu quả kinh tế cao là cá lóc bông với tổng diện tích khoảng 15ha được nuôi tập trung ở 2 vùng chính là xóm Xuân Phong (Hải Hòa) và khu 7 (Thị trấn Thịnh Long). Với thời gian nuôi trong 6 tháng, cá lóc bông đạt trọng lượng 1 kg/con, mỗi ha đạt năng suất 30 tấn, với giá bán từ 60 nghìn đồng/kg, trừ chi phí mỗi ha cá cho thu nhập từ 350-400 triệu đồng/năm.