Tỉnh hiện có 137 cơ sở sản xuất giống thủy sản; trong đó có 115 cơ sở sản xuất giống thủy sản mặn lợ, 22 cơ sở sản xuất giống thủy sản nước ngọt. Trong 6 tháng đầu năm 2017, toàn tỉnh đã sản xuất được 8.070 triệu con giống thuỷ sản các loại, trong đó giống thủy sản nước ngọt 1.502 triệu con, giống thủy sản mặn lợ 6.568 triệu con.
Theo quy định của Bộ NN và PTNT, các cơ sở sản xuất, kinh doanh giống thủy sản phải đáp ứng được các yêu cầu như: có giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, địa điểm sản xuất, kinh doanh phải theo quy hoạch của địa phương. Đặc biệt, tại các cơ sở sản xuất giống phải có ít nhất một nhân viên kỹ thuật có trình độ về nuôi thủy sản để hỗ trợ quá trình sản xuất giống theo đúng quy trình và đạt hiệu quả… Tuy nhiên, trên địa bàn tỉnh vẫn còn nhiều cơ sở sản xuất giống chưa đáp ứng được tiêu chuẩn mà Bộ NN và PTNT đề ra.
Nhiều trang trại không có cán bộ kỹ thuật làm việc; một số cơ sở sản xuất giống chưa công bố tiêu chuẩn chất lượng, chưa thực hiện kiểm dịch con giống khi xuất bán sản phẩm, không thực hiện ghi nhãn giống thủy sản khi lưu thông… khiến các cơ quan quản lý cũng như người nuôi khó truy xuất nguồn gốc giống thủy sản bố mẹ. Các cơ sở sản xuất giống của nhiều vùng nuôi thủy sản nước ngọt còn mang tính tự phát, khó kiểm soát.
Chất lượng giống các đối tượng nước ngọt chưa thực sự đảm bảo do chất lượng đàn cá bố mẹ đã xuống cấp và thoái hóa. Nhiều cơ sở sản xuất giống thủy sản đã được quan tâm đầu tư cơ sở vật chất nhưng thời gian sử dụng đã lâu nên xuống cấp, hạn chế năng lực sản xuất, cung cấp giống chất lượng. Đàn cá bố mẹ giống mới đưa vào nuôi số lượng không nhiều; công tác tuyển chọn, thay thế đàn cá bố mẹ truyền thống chưa làm thường xuyên để sản xuất ra con giống đảm bảo chất lượng… Hơn nữa, giống một số đối tượng có giá trị kinh tế cao được người nuôi ưa chuộng như tôm thẻ chân trắng, cá song, cá vược… chưa sản xuất được trong tỉnh hoặc có loại đã sản xuất được nhưng số lượng chưa đáp ứng được nhu cầu của người nuôi thủy sản trên địa bàn.
Không những thế, một bộ phận người dân vẫn tùy tiện trong nhập giống, ham rẻ mua giống thủy sản tại những cơ sở không đảm bảo uy tín nên nguồn giống chưa thực sự đạt hiệu quả, dễ bị chết hoặc dịch bệnh. Cũng có những trường hợp các đại lý cung ứng giống đặt hàng tại những trại giống có tên tuổi, nhưng chỉ kiểm tra xác suất và bằng cảm quan trong khi khâu kiểm dịch con giống từ cơ sở còn lỏng lẻo nên không thể phát hiện hết được bệnh tật từ con giống bố mẹ truyền sang. Chưa kể, hiện nay, thời tiết, điều kiện khí hậu ngày càng diễn biến phức tạp khó lường, ảnh hưởng đến sản xuất thủy sản nói chung, trong đó có sản xuất giống.
Cơ sở sản xuất giống và nuôi thương phẩm cá chạch đồng của người dân Thị trấn Quỹ Nhất (Nghĩa Hưng).
Việc áp dụng đồng bộ các biện pháp tăng cường quản lý chất lượng con giống sẽ bảo đảm có nguồn giống tốt, sạch bệnh cung ứng cho người nuôi, góp phần thúc đẩy ngành nuôi thủy sản của tỉnh phát triển bền vững.