Mục tiêu cụ thể, về đào tạo nguồn nhân lực thực hiện giám sát, trên 90% cán bộ ở cấp Trung ương và trên 70% cán bộ ở cấp tỉnh, huyện, trên 30% cán bộ ở cấp xã làm công tác thú y thủy sản được đào tạo, tập huấn chuyên sâu về giám sát dịch bệnh thủy sản vào năm 2017, các năm tiếp theo tiếp tục đào tạo đội ngũ cán bộ cán bộ đáp ứng yêu cầu sản xuất. Về năng lực phòng thử nghiệm phục vụ giám sát, các phòng thử nghiệm phục vụ giám sát dịch bệnh đạt chuẩn ISO 17025 và áp dụng các quy trình của Tổ chức Thú Y Thế giới (OIE) để xét nghiệm bệnh.
Tại các cơ sở sản xuất giống, 100% các tỉnh sản xuất tôm giống trọng điểm (Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Thuận và Bạc Liêu) chủ động triển khai Kế hoạch giám sát dịch bệnh đối với cơ sở sản xuất tôm giống. Năm 2017, 100% các địa phương thực hiện giám sát theo Kế hoạch Quốc gia. Từ năm 2018 trở đi, số lượng cơ sở được giám sát sẽ tăng bình quân tối thiểu 10%/năm so với năm trước. Đến năm 2020, có khoảng 5% số cơ sở tham gia chương trình giám sát được công nhận an toàn dịch bệnh. Tại các cơ sở nuôi thương phẩm theo hình thức thâm canh, bán thâm canh phục vụ xuất khẩu, năm 2017, 100% các tỉnh trọng điểm nuôi tôm chủ động triển khai theo Kế hoạch Quốc gia nhằm bảo đảm các yêu cầu phục vụ xuất khẩu. Từ năm 2018 trở đi, số lượng cơ sở được giám sát sẽ tăng bình quân tối thiểu 10%/năm so với năm trước.
Dự kiến hiệu quả kinh tế: tăng hiệu quả sản xuất nuôi tôm, cá tra với năng suất cao hơn, thủy sản nuôi sinh trưởng nhanh, sản phẩm an toàn và không còn chất tồn dư, giá tôm, cá tra tiêu thụ trong nước ở mức phù hợp, kích thích tiêu dùng nhiều hơn. Bên cạnh đó, tăng sản lượng tôm, cá tra xuất khẩu nhờ đáp ứng yêu cầu của các nước nhập khẩu thủy sản của Việt Nam về sản phẩm an toàn dịch bệnh, góp phần khẳng định chất lượng sản phẩm tôm và cá tra trên thị trường quốc tế, làm cơ sở gia tăng giá trị xuất khẩu do đó đem lại nhiều ngoại tệ hơn cho đất nước, đồng thời khẳng định thương hiệu thủy sản Việt Nam. Tạo thu nhập ổn định cho người dân, góp phần vào việc đảm bảo an sinh xã hội, an ninh lương thực, thực phẩm, xóa đói, giảm nghèo. Giảm tác động xấu đến môi trường, duy trì môi trường tự nhiên sạch hơn, phát triển hệ sinh thái tự nhiên, đáp ứng yêu cầu về chủ trương, chính sách và quy định về phòng chống dịch bệnh, đáp ứng yêu cầu của các nước nhập khẩu thủy sản của Việt Nam; nâng cao năng lực của đội ngũ kỹ thuật và quản lý từ Trung ương đến địa phương trong công tác phòng chống dịch bệnh thủy sản.