Theo Thông tư, các nội dung kiểm tra, cấp Giấy chứng nhận ATTP gồm: Điều kiện cơ sở vật chất, trang thiết bị và nguồn nhân lực tham gia sản xuất, quản lý về ATTP thủy sản (bao gồm cả kiểm tra các giấy chứng nhận sức khỏe, giấy xác nhận tập huấn kiến thức về ATTP của chủ cơ sở và người trực tiếp sản xuất thực phẩm).
Chương trình quản lý ATTP theo nguyên tắc HACCP; thủ tục truy xuất nguồn gốc và thu hồi sản phẩm; lấy mẫu phân tích đánh giá hiệu quả kiểm soát điều kiện vệ sinh trong quá trình sản xuất.
Liên quan tới vấn đề thẩm định cơ sở để cấp Giấy chứng nhận ATTP, Thông tư nêu rõ, đối với cơ sở có kết quả đạt yêu cầu (hạng 1, hạng 2 và hạng 3), cơ quan kiểm tra, chứng nhận báo cáo kết quả thẩm định về Cục Quản lý Chất lượng nông, lâm sản và thủy sản (Nafiqad) để xem xét, cấp Giấy chứng nhận ATTP.
Cơ sở có kết quả không đạt (hạng 4), cơ quan kiểm tra, chứng nhận phải thông báo kết quả thẩm định và yêu cầu cơ sở thực hiện, báo cáo kết quả khắc phục các sai lỗi. Tùy theo mức độ sai lỗi của cơ sở, cơ quan kiểm tra, chứng nhận quyết định tạm thời khắc phục nhưng không quá 3 tháng kể từ ngày kiểm tra và tổ chức thẩm định lại.
Cũng theo Thông tư, các sản phẩm thủy sản chỉ được phép XK khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau: Được sản xuất tại cơ sở có tên trong danh sách các cơ sở tham gia chương trình chứng nhận XK theo từng thị trường; đáp ứng các quy định về ghi nhãn các thông tin bắt buộc theo quy định của thị trường nhập khẩu, không làm sai lệch bản chất của hàng hóa và không vi phạm pháp luật Việt Nam.
Đối với sản phẩm được sơ chế, chế biến từ các cơ sở khác nhau, cơ sở thực hiện công đoạn sản xuất cuối cùng (bao gói, ghi nhãn sản phẩm) phải có tên trong danh sách các cơ sở tham gia chương trình chứng nhận XK theo thị trường.
Ngoài ra, các cơ sở tham gia sơ chế, chế biến lô hàng có văn bản cam kết cùng chịu trách nhiệm thực hiện các biện pháp xử lý của cơ quan kiểm tra, chứng nhận trong trường hợp lô hàng bị cơ quan thẩm quyền nước nhập khẩu cảnh báo hoặc cơ quan kiểm tra, chứng nhận phát hiện có vi phạm về ATTP.
Cùng với đó, các cơ sở tham gia sản xuất lô hàng có trách nhiệm lưu giữ đầy đủ hồ sơ sản xuất và kiểm soát ATTP đối với các công đoạn sản xuất do cơ sở thực hiện, bảo đảm khả năng truy xuất nguồn gốc sản phẩm.
Theo Thông tư, mỗi lô hàng XK được cấp 1 chứng thư. Chứng thư chỉ có giá trị đối với lô hàng được vận chuyển, bảo quản trong điều kiện không làm thay đổi nội dung đã được chứng nhận về ATTP. Chứng thư có nội dung, hình thức phù hợp với yêu cầu của thị trường nhập khẩu tương ứng.
Các cơ sở không được cấp chứng thư cho lô hàng XK khi cơ sở bị cơ quan thẩm quyền nước nhập khẩu yêu cầu tạm dừng nhập khẩu; cơ sở bị thu hồi Giấy chứng nhận ATTP; cơ sở bị tạm đình chỉ sản xuất theo quy định tại Điều 30, Điều 33 Luật Chất lượng sản phẩm hàng hóa hoặc các quy định của Chính phủ về xử lý vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm.
Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 26-12-2013.