Mối nguy vật lý bao gồm sạn, tạp chất, đinh, chì, mảnh kim loại, thủy tinh… có trong thực phẩm có thể gây tổn hại cho hệ tiêu hóa của người tiêu dùng. Cơ chế sinh ra các mối nguy này là do tạp chất tự nhiên trong quá trình khai thác, thu hoạch ngư cụ bị hư hỏng, dụng cụ thu họach bị vỡ hoặc bị gỉ sét. Trong khâu vận chuyển, xếp thủy sản thành nhiều lớp dưới hầm tàu hoặc trên xe làm dập nát và lẫn tạp chất. Mặt khác, với những hành vi gian lận thương mại người kinh doanh cố tình nhét đinh, chì, tăm tre…vào nguyên liệu thủy hải sản. Những vật cứng, rắn khi vào cơ thể con người sẽ gây tổn thương hệ thống tiêu hóa, làm dập nát, hư hỏng sản phẩm; đây là môi trường rất thích hợp cho vi sinh vật phát triển. Để kiểm soát, phòng ngừa và loại bỏ mối nguy này, cần loại bỏ tạp chất tự nhiên, tránh xâm nhiễm trước mỗi công đoạn sản xuất, tuân thủ nghiêm các quy định.
Mối nguy hóa học: gắn liền với loài nhuyễn thể 2 mảnh vỏ, hay ở một số loài cá như cá hồng, cá mú… do ăn tảo, tích tụ lâu ngày trong cơ thể tạo ra độc tố. Ở một số các loài cá như cá nóc, bạch tuột xanh do va đập, ươn làm biến đổi chất lượng sinh ra độc tố. Cách kiểm soát, ngăn chặn mối nguy gắn liền với loài là thực hiện chương trình kiểm soát nhuyễn thể hai mảnh vỏ, kiểm soát nhiệt độ, thời gian từ khi đánh bắt đến khi chế biến, loại bỏ cá nóc và bạch tuột xanh ra khỏi nguyên liệu. Mối nguy hóa học được tạo ra bởi ô nhiễm môi trường, do thủy sản ăn phải thức ăn bị nấm mốc có chứa độc tố, kim loại nặng, do việc lạm dụng thuốc, hóa chất, kháng sinh của người sản xuất.
Để ngăn ngừa, loại bỏ mối nguy hóa học gắn với môi trường, nên lập chương trình kiểm soát dư lượng thuốc, hóa chất có trong sản phẩm, tạo ý thức bảo vệ môi trường sống cho thủy sản. Mối nguy hóa học do con người đưa vào có mục đích như lạm dụng kháng sinh cấm, hóa chất độc hại, chất kích thích trong quá trình sản xuất, sử dụng chất phụ gia, phẩm màu để phối chế một số sản phẩm dùng trong chế biến, bảo quản. Đây là mối nguy gây hại nghiêm trọng đến sức khỏe con người như mắc bệnh ung thư, ngộ độc… có thể dẫn đến tử vong. Biện pháp ngăn ngừa, loại bỏ mối nguy này thông qua chương trình kiểm soát việc sử dụng hóa chất, kháng sinh, chất phụ gia, bảo quản… ngay tại nơi chúng phát sinh; nắm bắt được quy định về các chất được phép sử dụng trong sản xuất thủy sản.
Ngộ độc thực phẩm thủy hải sản và thực phẩm chế biến chứa hóa chất độc hại có nguồn gốc khác nhau tuy chiếm tỉ lệ thấp hơn nhưng đây là nguyên nhân chính dẫn đến tử vong. Các tổ chức, cá nhân cần phải nhận diện được các mối nguy gây hại có trong sản phẩm, nhằm kiểm soát và phòng ngừa một cách toàn diện trong từng công đoạn sản xuất.
Việc đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm thủy hải sản có ý nghĩa rất quan trọng, không chỉ đảm bảo sức khỏe người tiêu dùng, nâng cao tuổi thọ con người mà còn quyết định uy tín, nhãn hiệu của thực phẩm nước ta trên thị trường quốc tế. Do đó, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm thủy hải sản là nhiệm vụ của người kinh doanh và cả người tiêu dùng.