Cục KTVB cho rằng, theo Nghị định 132/2008 hướng dẫn thi hành luật Chất lượng sản phẩm, việc tạm đình chỉ sản xuất sản phẩm chỉ được áp dụng “trong quá trình kiểm tra chất lượng sản phẩm trong sản xuất mà kết quả thử nghiệm khẳng định sản phẩm không phù hợp với tiêu chuẩn công bố áp dụng, quy chuẩn kỹ thuật tương ứng đe dọa đến sự an toàn của người, động vật, thực vật, tài sản, môi trường”. Tuy nhiên, điều 31 Thông tư 55 lại đưa ra quy định các lô hàng xuất khẩu bao gồm cả các hàng xuất khẩu đã được lấy mẫu kiểm nghiệm, cấp chứng thư bảo đảm chất lượng của cơ quan thẩm quyền VN nhưng khi nước nhập khẩu cảnh báo về chất lượng đối với cơ sở có quá 3 lô hàng cùng nhóm sản phẩm tương tự trong 6 tháng thì cơ sở sản xuất bị tạm ngừng xuất khẩu vào nước nhập khẩu tương ứng.
Bên cạnh đó, đối chiếu tiếp với các quy định của luật An toàn thực phẩm và các văn bản hướng dẫn hiện hành, Cục KTVB thấy rằng không có nội dung nào cho phép áp dụng biện pháp “tạm ngừng xuất khẩu” khi có cảnh báo về an toàn thực phẩm như quy định của Bộ NN-PTNT. “Theo chúng tôi, việc tạm ngừng xuất khẩu là biện pháp xử lý doanh nghiệp, cơ sở sản xuất. Tuy nhiên việc xử lý này ảnh hưởng rất lớn đến sản xuất, việc làm của người lao động, khách hàng của doanh nghiệp. Vì vậy, biện pháp xử lý này cần được nghiên cứu, cân nhắc kỹ lưỡng để nếu thấy thực sự cần thiết thì kiến nghị bổ sung vào quy định trong luật hoặc văn bản của Chính phủ ban hành chứ không thể quy định tại thông tư của Bộ NN-PTNT”, theo Cục KTVB.
Ngoài ra, một số quy định tại thông tư này như việc kiểm tra lấy mẫu, theo Cục KTVB có những nội dung không rõ ràng dẫn đến gây khó khăn, chậm trễ, tốn kém cho doanh nghiệp. Tương tự là việc quy định về chi phí lấy mẫu không chặt chẽ có thể dẫn đến những trường hợp kiểm nghiệm thực phẩm để phục vụ quản lý nhà nước nhưng doanh nghiệp phải chịu chi phí.