Nguyên nhân là do các cơn mưa xuất hiện đột ngột làm hệ sinh thái môi trường ao nuôi bị phá vỡ; sức đề kháng, hệ miễn dịch trong cơ thể tôm nuôi bị giảm, tạo điều kiện cho một số loài vi khuẩn, virus gây bệnh trên tôm nuôi phát triển.
Theo ghi nhận tại tỉnh Bến Tre, thời điểm đầu tháng 9, trên địa bàn tỉnh có mưa nhiều, nước ao nuôi bị ngọt hóa dẫn đến độ mặn thấp, một số ao xuất hiện bệnh đốm đen, xảy ra ở tôm nuôi trên 50 ngày tuổi. Tôm bị bệnh có dấu hiệu như bị các đốm đen bám ở vỏ kitin, lâu ngày ăn sâu vào trong thịt tôm, một số con không lột được vỏ hoặc lột chậm, cứng vỏ dẫn đến chết trong quá trình lột. Thông thường 2 - 3 ngày đầu tôm ăn bình thường, sau đó giảm ăn nhanh chóng (ao có tỷ lệ bệnh cao, lượng thức ăn giảm càng nhanh), sau đó chết đồng loạt, tôm chết thường là tôm lột nên chìm xuống đáy, rất khó phát hiện. Các ao nuôi bị dịch khi thu lên sản lượng chỉ còn 50 - 80% so với dự kiến ban đầu.
Cùng với đó, dịch đốm trắng xảy ra nhiều trên tôm sú. Năm nay, mức độ ảnh hưởng của dịch đốm trắng cao hơn những năm trước, đối tượng là tôm nuôi trên 3 tháng (kích cỡ mà những năm trước ít bị), nhiều nhất là tại các xã Đại Hòa Lộc và Thạnh Trị của huyện Bình Đại, cùng với một số khu vực nuôi có độ mặn cao. Trong khi đó, tôm thẻ chân trắng chủ yếu bị ảnh hưởng của bệnh phân trắng, nguyên nhân có thể là do trời nắng gắt vào ban ngày, mưa vào ban đêm làm tảo phát triển nhanh, sau đó tảo đột ngột sản sinh nhiều chất độc. Ngoài ra, một số khu vực xuất hiện bệnh hoại tử gan tụy cấp nhưng tỷ lệ không đáng kể.
Theo dự báo, trong thời gian tới thời tiết vẫn diễn biến thất thường, để hạn chế tối đa thiệt hại, người nuôi tôm cần quan tâm đặc biệt đến bệnh đốm trắng, nếu vùng nuôi đang xảy ra dịch bệnh thì ngưng thả mới, đợi ổn định mới xử lý nước, diệt khuẩn, giáp xác thật kỹ để tiếp tục thả nuôi. Quá trình nuôi cần duy trì các yếu tố môi trường trong ao nuôi ở mức thích hợp và ổn định (pH, độ kiềm, độ mặn, nhiệt độ...) để tránh sốc cho tôm. Người nuôi cần thường xuyên theo dõi các bản tin thời tiết, cảnh báo dịch bệnh trên báo, đài để chủ động kế hoạch sản xuất.