Theo đánh giá, thực trạng ngành nuôi và chế biến cá tra xuất khẩu khu vực ĐBSCL thời gian qua đang đòi hỏi ngành chức năng có giải pháp về quản lý nhà nước cũng như kỹ thuật để nâng cao chất lượng con giống. Vì đây là yếu tố rất quan trọng giúp nâng cao chất lượng sản phẩm cá tra xuất khẩu, đồng thời làm tăng giá trị lợi nhuận và giảm thiểu rủi ro cho người nuôi. Hiện nay, toàn vùng ĐBSCL có khoảng 200 trại sinh sản cá tra bột và 4.000 hộ ươm cá giống (riêng tỉnh Đồng Tháp có trên 1.240 hộ ươm cá tra giống). Sản lượng cá giống toàn vùng là trên dưới 2 tỉ con mỗi năm, cơ bản đáp ứng cho nhu cầu nuôi. Tuy nhiên, do thị trường cá tra nguyên liệu không ổn định đã dẫn đến tình hình sản xuất cá tra giống cũng bị ảnh hưởng tiêu cực. Nhiều hộ sản xuất cá giống chưa quan tâm đến chất lượng, điều kiện sản xuất kinh doanh chưa đảm bảo đúng quy định. Chất lượng giống không bảo đảm, gây hao hụt trong quá trình nuôi, tỷ lệ hao hụt có khi vượt quá 30% số lượng cá thả nuôi. Qua phân tích của các nhà khoa học, để nâng cao chất lượng cá tra giống ở khu vực ĐBSCL, nâng cao chất lượng sản phẩm cá tra xuất khẩu cần phải thực hiện song song hai nhóm giải pháp: Hoàn thiện cơ chế quản lý nhà nước về sản xuất kinh doanh cá tra giống, gắn quy hoạch vùng sản xuất với xây dựng thương hiệu cá tra giống; Nhà nước cũng cần hỗ trợ phát triển các trung tâm giống thủy sản cấp tỉnh, thường xuyên tổ chức tập huấn kỹ thuật sản xuất giống cho các hộ nuôi, xây dựng các mô hình liên kết giữa nhà sản xuất giống với nhà khoa học để ứng dụng, chuyển giao tiến bộ khoa học kỹ thuật, liên kết giữa sản xuất giống với nuôi thương phẩm nhằm ổn định cung cầu.
Tổng cục Thủy sản cũng đã phối hợp với Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản II soạn thảo quy chế quản lý đàn cá tra hậu bị và đàn cá tra bố mẹ để cơ sở pháp lý nhằm giúp nâng cao chất lượng cá tra giống cung cấp ra thị trường khu vực trong thời gian tới.