Trong đó, nuôi trồng thủy sản (NTTS) trên vịnh Vân Phong được quan tâm đặc biệt, bởi liên quan đến việc xây dựng đơn vị hành chính – kinh tế đặc biệt Bắc Vân Phong (viết tắt là Đặc khu Bắc Vân Phong).
Quy hoạch này cho phép người dân NTTS tại các địa điểm đã được quy hoạch đến khi Nhà nước thu hồi mặt nước để thực hiện dự án phát triển kinh tế – xã hội. Tuy nhiên, diện tích NTTS trên địa bàn huyện Vạn Ninh đến năm 2025 chỉ còn khoảng 725 ha, đến năm 2035 giảm còn khoảng 700 ha.
Đối tượng nuôi ao đìa chủ lực là tôm thẻ chân trắng và ốc hương; nuôi biển chủ lực là tôm hùm, cá biển, ngọc trai. Quy hoạch cũng cho phép tiếp tục nuôi ngọc trai trên vịnh Vân Phong tại các địa điểm đã giao cho doanh nghiệp; xây dựng thêm một số diện tích nuôi theo hình thức treo giá thể trong lồng. Đối với nuôi thả tự nhiên trên đáy và kết hợp với thả rạn nhân tạo, quy hoạch cho phép phát triển quanh khu vực: Hòn Lớn, Hòn Dung, Hòn Mai, Hòn Me, Hòn Vung, Hòn Mao.