Phú Yên có 1.005 tàu công suất từ 90 đến 450 mã lực, chủ yếu đánh bắt ở vùng biển Trường Sa và Hoàng Sa. Từ khi có Quyết định 48 của Chính phủ đến nay, tỉnh Phú Yên đã giải ngân hơn 95 tỷ đồng hỗ trợ ngư dân khai thác vùng biển xa. Trong đó, riêng năm 2013 hỗ trợ hơn 40 tỷ đồng cho 827 tàu cá thực hiện 1.096 chuyến biển.
Do giá nhiên liệu tăng, giá cá ngừ giảm từ 30.000 đến 40.000 đồng/kg so với các năm trước, nên sản lượng khai thác cá ngừ năm 2013 chỉ đạt khoảng 4.500 tấn, giảm hơn 1.500 tấn so với năm 2012. Vì vậy, có thời điểm gần 80% tàu câu cá ngừ đại dương phải nằm bờ do thua lỗ.
Hiện tỉnh Phú Yên đang tổ chức sắp xếp các tàu cá khai thác xa bờ thành những tổ, đội, nhóm nghề; đưa công tác quản lý nghề cá trên biển vào hoạt động để cung cấp kịp thời thông tin khí tượng, dự báo ngư trường; đầu tư phát triển dịch vụ hậu cần nghề cá và tăng cường hỗ trợ ngư dân bám biển.
Sở NN-PTNT tỉnh Phú Yên cho biết, đang triển khai áp dụng tiến bộ khoa học công nghệ, kỹ thuật đánh bắt, bảo quản sản phẩm để nâng cao hiệu quả khai thác cá ngừ đại dương; tiếp tục lắp đặt thiết bị thông tin liên lạc tầm xa có tích hợp định vị vệ tinh nhằm bảo đảm thông tin liên lạc giữa ngư dân với các ngành chức năng.