Tuy nhiên, việc lạm dụng thuốc, hóa chất trong quá trình sản xuất đã dẫn đến hiện tượng kháng thuốc, nhờn thuốc cho đối tượng nuôi; dư lượng hóa chất có trong sản phẩm thủy sản gây bất lợi đến sức khỏe người tiêu dùng; sản phẩm làm ra không đảm bảo chất lượng về an toàn vệ sinh thực phẩm, ảnh hưởng nghiêm trọng đến thị trường xuất khẩu và lợi nhuận thu về không cao.
Chất lượng và sản lượng của các loại thủy sản nuôi phụ thuộc rất nhiều vào các yếu tố như thức ăn, con giống, môi trường, cách quản lý, chăm sóc… Nhưng để sản phẩm làm ra đảm bảo an toàn vệ sinh thủy sản, không thiệt hại về kinh tế, người nuôi cần phải chú ý trong việc lựa chọn và sử dụng các loại thuốc, hóa chất. Đây cũng là yếu tố giúp cho người nuôi nâng cao sản lượng và hoàn toàn yên tâm về chất lượng sản phẩm của mình. Tuy nhiên việc sử dụng các loại kháng sinh, hóa chất phải đúng với từng giai đoạn, phù hợp với môi trường và điều kiện của từng loại ao nuôi không phải ai cũng hiểu biết thấu đáo. Do đó, bên cạnh việc nắm bắt kịp thời danh mục các loại hóa chất, kháng sinh cấm hay hạn chế sử dụng, người nuôi thủy sản phải tuân theo đúng hướng dẫn của nhà sản xuất về thời gian sử dụng và ngưng sử dụng của từng loại kháng sinh.
Mới đây, Nhật Bản và Mỹ đã cảnh báo dư lượng kháng sinh Enrofloxacin tồn lưu trong mặt hàng thủy sản xuất khẩu của Việt Nam vượt cao hơn nhiều so với mức 0,60ppb cho phép. Nếu chỉ cần phát hiện lô hàng có Enrofloxacin vượt mức cho phép, các nước này sẽ kiểm tra 100% lô hàng thủy sản của Việt Nam. Việc dư lượng kháng sinh, hóa chất cấm sử dụng được phát hiện trong mặt hàng thủy sản sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng đến thị trường xuất khẩu, gây ra phản ứng dây chuyền đến các thị trường khác.
Thông thường người nuôi tôm hay dùng các hóa chất, kháng sinh Cypermethrin, Deltamethrin và Enrofloxacin cũng như các hóa chất, kháng sinh khác để xử lý nước, diệt tạp hay trị bệnh cho tôm, cá đã gây ra hậu quả nghiêm trọng cho nghề nuôi trồng thủy sản, ảnh hưởng đến sức khỏe con người. Tác hại do dư lượng kháng sinh, hóa chất có trong thực phẩm là rất lớn, tạo nên hệ vi khuẩn kháng thuốc, ảnh hưởng xấu đến hệ thống miễn dịch trong cơ thể người. Ủy ban về tính gây đột biến của hóa chất trong thực phẩm và Ủy ban kiểm soát độc tố trong thực phẩm đã kết luận rằng Xanh leucomalachite được coi là một chất gây đột biến trong cơ thể; Chloramphenicol gây sai lệch gen di truyền, gây ra bệnh suy tủy, ung thư máu ở người; Enrofloxacin gây ra mù vĩnh viễn và mất thị lực…
Để ngành nuôi trồng thủy sản phát triển bền vững, người nuôi tôm ngoài áp dụng đúng quy trình kỹ thuật nuôi còn cần phải quan tâm và chú trọng nhiều hơn đến việc sử dụng đúng loại, đúng liều lượng các loại hóa chất, kháng sinh nhằm nâng cao năng suất nuôi và góp phần rất lớn trong việc ổn định môi trường, phòng ngừa dịch bệnh trong vùng nuôi, giữ vững thương hiệu và thị trường đối với nền kinh tế xuất khẩu. Việc không sử dụng Enrofloxacin, Cypermethrin và Deltamethrin hay các hóa chất, kháng sinh khác trong nuôi trồng thủy sản sẽ đảm bảo chất lượng sản phẩm thủy sản cho thị trường xuất khẩu, giữ vững uy tín sản phẩm thủy sản Việt Nam trên thị trường quốc tế, giảm thiểu được những thiệt hại về kinh tế.