Phụ phẩm khí sinh học là sản phẩm ở dạng lỏng và rắn của quá trình phân giải cơ chất bao gồm nước xả, bã cặn và váng. Phụ phẩm khí sinh học chứa khoảng 93% nước, 7% chất khô (4,5% hợp chất hữu cơ và 2,5% hợp chất vô cơ). Thành phần chính của phụ phẩm khí sinh học là những chất hữu cơ ở thể rắn, chất dinh dưỡng dễ hòa tan, các loại nguyên tố vi lượng (Cu, Zn, Fe, Mn…) và những tế bào mới hình thành trong quá trình phân giải. Do vậy, việc sử dụng phụ phẩm khí sinh học làm thức ăn nuôi cá là biện pháp có cơ sở khoa học và mang lại nhiều lợi ích tốt hơn hẳn so với dùng phân tươi trực tiếp bón vào ao cá. Có thể xem đây là loại phân sạch để nuôi cá vì quá trình lên men trong bể phân giải, các mầm bệnh đã bị tiêu diệt, góp phần làm giảm một số loại bệnh, nhất là các bệnh ở da, mang của cá. Mặt khác khi sử dụng phụ phẩm khí sinh học sẽ dễ dàng tạo màu nâu xám cho nước ao, nên tăng khả năng hấp thu nhiệt của ao và pH của nước dễ ổn định ở mức trung bình, cá phát triển tốt hơn. Nhiều kết quả nghiên cứu và thử nghiệm mô hình ở nước ta đã cho thấy khi sử dụng phụ phẩm khí sinh học làm thức ăn cho cá đã giảm được 25 đến 30% chi phí đầu tư thức ăn, cá sinh trưởng phát triển nhanh hơn, giảm ô nhiễm môi trường.
Tuy nhiên, để sử dụng phụ phẩm khí sinh học nuôi cá đem lại hiệu quả cao, đúng phương pháp cần phải quan tâm, lưu ý cách sử dụng: Phần nước xả và phần cặn đều có thể sử dụng để nuôi cá, nhưng phần nước xả có giá trị dinh dưỡng cao hơn, do vậy nên sử dụng thường xuyên hơn. Riêng phần bã cặn sau khi đưa ra khỏi bể khí sinh học nên để ngoài không khí ít nhất vài giờ để giảm bớt tính khử. Khi dùng nước xả cho vào ao cá phải phun đều mặt ao với mức 0,5 đến 0,6 kg/m2 mặt ao và cứ 3 ngày làm một lần. Đối với bã cặn thì rắc đều trên mặt nước 0,3 đến 0,4kg/m2 mặt ao. Khi sử dụng phụ phẩm khí sinh học bón vào ao cá cần chú ý đến độ trong của ao nuôi, mật độ cá và thời gian nuôi để điều chỉnh cho phù hợp. Hàng ngày cần quan sát lượng dưỡng khí (ôxy) trong ao, nếu thấy hiện tượng cá nổi đầu nhiều và quá lâu thì cần tăng lượng ôxy cho ao bằng cách sục khí, thay nước, tạo sóng… Độ sâu của ao nuôi có sử dụng phụ phẩm khí sinh học nên từ 1,5 đến 2,5m.