Nguyên nhân dẫn đến tình trạng này là do tình hình thời tiết diễn biến phức tạp, đặc biệt trong các tháng 4 và 5, nền nhiệt độ trong nhiều ngày tăng cao, mưa dông xuất hiện nhiều làm môi trường nuôi biến động, bên cạnh đó xâm nhập mặn đã lan rộng vào các kênh rạch nội đồng, tạo điều kiện thuận lợi cho dịch bệnh trên tôm nuôi phát triển như : đốm trắng, hoại tử gan tụy, phân trắng… Mặt khác giá tôm nguyên liệu giảm mạnh so với năm 2014 gây ảnh hưởng lớn đến hiệu quả kinh tế của người nuôi.
Theo Cục Thú y, trong 5 tháng đầu năm 2015, tổng diện tích tôm nuôi nước lợ bị thiệt hại là 12.070,03ha, trong đó diện tích nuôi thâm canh, bán thâm canh thiệt hại là 8.134,87ha, còn lại là diện tích nuôi quảng canh, quảng canh cải tiến và tôm lúa. Trong các loại bệnh thì bệnh đốm trắng, hoại tử gan tụy cấp chiếm tỷ lệ cao, ngoài ra còn các bệnh khác như đỏ thân, phân trắng, đường ruột, hoại tử dưới vỏ và cơ quan tạo máu… Nguyên nhân chủ yếu do thời tiết nắng nóng kéo dài, người nuôi chưa tuân thủ hướng dẫn kỹ thuật, xả thải không qua xử lý gây phát tán mầm bệnh, một số nơi tôm giống chưa đảm bảo chất lượng, còn mang mầm bệnh gây phát tán, lây lan…
Để nghề nuôi tôm nước lợ phát triển thuận lợi trong thời gian tới, Tổng cục Thủy sản đề nghị các địa phương cần tập trung chỉ đạo trong công tác quy hoạch, quản lý quy hoạch, tăng cường đầu tư cơ sở hạ tầng vùng nuôi như cấp thoát nước, điện…. Tăng cường quản lý chất lượng con giống và các yếu tố đầu vào cho nuôi, liên kết chuỗi trong nuôi để tránh rủi ro cho người dân. Tổ chức thực hiện quan trắc và cảnh báo môi trường và có thông tin cụ thể, kịp thời cho người nuôi. Mặt khác, cần tăng cường tuyên truyền cho người dân không lạm dụng hóa chất, kháng sinh trong nuôi tôm nhằm nâng cao chất lượng; đẩy mạnh việc hợp tác trong nuôi, giữa người nuôi với người nuôi, người nuôi với doanh nghiệp.