Tuy tăng trưởng nhanh chóng trong 2 thập kỷ qua, ngành nuôi cá rô phi của nước này vẫn còn phải đối mặt với nhiều thách thức tồn đọng.
Giá cá rô phi biến động mạnh trong vài năm gần đây. Năm 2009, cá rô phi sống loại 500 g giảm còn 7 nhân dân tệ (NDT)/kg khiến người nuôi cá đã chuyển sang thả nuôi cá chép hoặc loài cá khác. Diện tích nuôi tại Quảng Đông, Quảng Tây, Hải Nam và Phúc Kiến đều giảm.
Đầu năm 2011, giá cá rô phi tăng lên 10 NDT/kg nhưng người nuôi vẫn tiếp tục gặp khó. Sau vụ thu hoạch đầu tiên, một số trại nuôi đã xem xét thả nuôi loài thủy sản khác. Năm 2011, các trại nuôi cá sản xuất kết hợp đã bớt khó khăn hơn nhờ bù lỗ bằng lợi nhuận từ nuôi lợn. Những hộ hợp tác với DN nuôi cá rô phi phải chịu thiệt hại ước tính lên đến 50%.
Các chi phí sản xuất như giá nhân công, chi phí thức ăn, thuốc thú y và cơ sở hạ tầng tăng mạnh trong vài năm gần đây. Trong 3 năm, giá nhân công tăng ít nhất 50%. Giá các yếu tố đầu vào khác cũng tăng mạnh. Chi phí sản xuất cao và giá cá trên thị trường thấp kiến nhiều người nuôi không còn thiết tha với cá rô phi.
Ngoài giá nhân công cao, các nhà chế biến Trung Quốc còn gặp khó khăn khi giá trị đồng NDT tăng 7% so với đồng USD trong giai đoạn 2009 – 2011.