Theo Ông Hidenao WATABE - trợ lý quản lý Quỹ Trust Fund Nhật Bản, việc quản lý nghề cá xa bờ và biển khơi được Nhật Bản xây dựng dựa trên 3 yếu tố: Kiểm soát đầu vào, kiểm soát đầu ra và kiểm soát các yếu tố kĩ thuật.
Trong đó, việc kiểm soát đầu vào bao gồm các yếu tố như : Ngư cụ khai thác, phương pháp khai thác, sản lượng theo cường lực khai thác và cụ thể là việc quản lý tàu thuyền được Nhật Bản hết sức chú trọng và thực hiện nghiêm ngặt. Ông Tadahiro Kawata, điều phối viên kĩ thuật của SEAFDEC cho biết, khác với một số quốc gia khác, việc cấp phép đóng tàu ở Nhật Bản được thực hiện sau khi ngư dân có giấy phép khai thác do cơ quan chức năng cấp. Ngoài các yếu tố kĩ thuật được thông qua thì chủ tàu phải có được giấy phép khai thác để các cơ quan quản lý nắm được những thông tin về loài và vùng khai thác ngư dân đăng ký. Từ đó giúp các cơ quan quản lý chủ động trong việc cấp phép đóng tàu dựa trên sự cân bằng về loài và vùng khai thác. Đây cũng chính là cách quản lý mà Nhật Bản hướng tới quản lý nghề cá dựa trên nguồn lợi bền vững.
Trong việc kiểm soát đầu ra, hay nói cách khác đó là việc kiểm soát tổng sản lượng khai thác cho phép. Tại Nhật Bản, việc kiểm soát tổng sản lượng khai thác cho phép được áp dụng với 7 loài mục tiêu, bao gồm các loài được khai thác và tiêu dùng với số lượng lớn và quan trọng với cuộc sống của người dân, các loài đang trong tình trạng xấu cần được bảo tồn. Mọi sự kiểm soát đều có các luật kèm theo khung pháp lý về nghề cá của Nhật Bản.
Song song với việc kiểm soát đầu vào, kiểm soát đầu ra thì các yếu tố về kĩ thuật như kiểm soát kích cỡ mắt lưới, kích cỡ cá, kiểm soát mùa khai thác và các ngư trường khai thác cũng được thực hiện khá chi tiết tại Nhật Bản. Cũng theo lời của Ông Tadadiro Kawata, mọi sự kiểm soát này có thể diễn ra ngay tại các ngư trường và ngay cả trên tàu trong qua trình khai thác dưới sự kiểm tra của các thanh tra viên.
Các yếu tố kĩ thuật được kiểm soát nhằm bảo vệ các vùng sinh sản, bảo vệ các đàn giống bố mẹ và đàn cá con, tạo điều kiện tốt nhất để nguồn lợi thủy sản được bảo tồn và phát triển một cách cân bằng giữa các vùng khai thác trong các mùa khai thác trong năm.
Nhận thấy ngành thủy sản của Việt Nam và Nhật Bản cũng có một số điểm khác biệt về cơ sở hạ tầng và nguồn nhân lực, tuy nhiên chúng ta cũng có thể nhìn thấy được những ưu điểm trong cách quản lý nghề cá xa bờ và biển khơi của Nhật Bản như quản lý chặt chẽ dựa trên Hệ thống theo dõi, kiểm tra và giám sát (Monitoring Control Surveillance), thực hiện quản lý tàu cá nghiêm ngặt dựa trên các luật hay việc phát triển nghề cá toàn diện dựa trên nguồn lợi phát triển bền vững, và lấy đó làm vấn đề cần nghiên cứu phục vụ cho công tác quản lý nghề cá xa bờ và biển khơi của Việt Nam trong tương lai.