Theo đó, Cần Thơ phân vùng nuôi trồng thủy sản thành hai tiểu vùng chính. Tiểu vùng I gồm: quận Thốt Nốt, một phần huyện Vĩnh Thạnh và các cồn trên sông Hậu chuyên nuôi tôm càng xanh, cá tra, ba sa, cá đồng, cá lồng bè trên diện tích 16.000 ha. Tiểu vùng II gồm các huyện: Vĩnh Thạnh, Cờ Đỏ, Phong Điền và một số quận nuôi cá da trơn, cá đồng trên diện tích 10.000 ha. Loại hình nuôi là nuôi chuyên, nuôi kết hợp hoặc luân canh tôm - lúa hoặc lúa - cá.
Về sản lượng, dự kiến đến năm 2020 đạt 269.000 tấn; năm 2025 đạt 335.000 tấn. Để đáp ứng nhu cầu giống, từ nay đến năm 2016, Cần Thơ sẽ xây dựng hơn 100 trại sản xuất tôm cá giống (cung cấp 1,8 tỷ con giống các loại), nâng lên 130 trại (2,1 tỷ con giống) vào năm 2020. Các trại này đến năm 2025 cung cấp 2,5 tỷ con giống cho địa phương và một số tỉnh lân cận.
Để bảo đảm mục tiêu, Cần Thơ sẽ chú trọng 3 giải pháp: khoa học công nghệ, khuyến ngư, hợp tác quốc tế. Cần Thơ đẩy mạnh công tác nghiên cứu, chuyển giao công nghệ tiên tiến trong thâm canh nuôi thủy sản, sản xuất giống sạch, thực hành công nghệ nuôi sạch theo quy định của nhà nước; áp dụng các kỹ thuật tiên tiến trong chế biến, bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm và xây dựng thương hiệu thủy sản; chuyển giao các công nghệ tiên tiến trong xử lý chất thải trong nuôi trồng. Đồng thời thành phố xây dựng chương trình tập huấn, mô hình trình diễn đến tận xã ấp. Theo đó, hướng dẫn nông dân nuôi theo quy trình GAP, SGF 1000 CM, bảo đảm an toàn thực phẩm theo tiêu chuẩn quốc tế như HACCP, ISO.
Hiện Cần Thơ có 33 nhà máy chế biến xuất khẩu thủy sản với tổng công suất 192.000 tấn/năm. Từ nay đến năm 2020, thành phố sẽ xây dựng thêm 10 nhà máy chế biến thủy sản, tổng công suất 122.000 tấn/năm. Đến năm 2025, thành phố sẽ có 49 nhà máy chế biến thủy sản. Theo đó, sản lượng chế biến xuất khẩu đến năm 2015 đạt 120.000 tấn, đạt 160.000 tấn vào năm 2020.
Bên cạnh các sản phẩm xuất khẩu chủ yếu là tôm đông IQF, các dạng sản phẩm HLSO, HOSO, PUD, PD… các nhà máy cũng đẩy mạnh phát triển các mặt hàng tôm giá trị gia tăng như Sushi, Nobashi, tôm tẩm bột chiên, tôm bao bột, há cảo, chả giò... Thị trường tiêu thụ chủ yếu là châu Á, châu Âu, Bắc Mỹ./.