Giá cá tra nguyên liệu tại ĐBSCL liên tục tăng từ 22.000 đồng/kg lên 23.500 đồng/kg nhưng doanh nghiệp cũng khó mua được cá nguyên liệu với sản lượng lớn. Ông Nguyễn Tùng Dương, Phó giám đốc Công ty cổ phần Gò Đàng (Tiền Giang) cho biết, mỗi ngày nhà máy cần 130.000-160.000 tấn nguyên liệu. "Mặc dù chúng tôi có vùng nuôi 200ha đủ đáp ứng 90% nguyên liệu cho nhà máy, nhưng do năm nay thiếu con giống trầm trọng nên tiến độ thả nuôi chậm, không đáp ứng được nhu cầu sản xuất"-ông Dương lý giải. Ông Dương Nghĩa Quốc, Chủ tịch Hiệp hội Cá tra Việt Nam, cho biết tình hình thiếu hụt cá tra nguyên liệu là có thật, nguyên nhân là do những tháng cuối năm 2016 giá cá tra giống sụt giảm mạnh, nhiều trại ương con giống ngưng sản xuất chờ giá, đến khi con giống tăng trở lại thì sản xuất không kịp bán. Hiện nay, giá con giống khoảng 25 con/kg (2 phân) đã lên đến hơn 40.000 đồng/kg, cao hơn gấp 3 lần trước đây nhưng không có để bán.
Không chỉ sụt giảm sản lượng trầm trọng, tình hình ương cá tra giống ở các tỉnh ĐBSCL còn gặp bất lợi do mưa trái mùa. Dẫn đến con giống cung ứng cho vụ nuôi mới năm 2017 thiếu và trễ. "Với đà này, tình hình căng thẳng nguyên liệu có thể tiếp diễn đến giữa năm 2017"- ông Dương Nghĩa Quốc lo lắng nói. Theo ông Nguyễn Hữu Khánh, nguyên Chủ tịch Hiệp hội thủy sản Việt Nam, nghề nuôi, chế biến cá tra xuất khẩu đã hình thành 20 năm nhìn lại vẫn còn nhiều hạt sạn: thị trường tiêu thụ không ổn định, thu nhập của người nuôi cá bấp bênh. Không phải do con cá tra không có tiềm năng phát triển mà nguyên nhân chính là tổ chức sản xuất chưa hợp lý, mạnh ai nấy làm.
Ông Dương Ngọc Minh, Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Hùng Vương, cho rằng: Điểm yếu của ngành cá tra là số lượng và chất lượng con giống chưa được đầu tư đúng mức. Bộ NN&PTNT cần có chính sách đầu tư cơ sở sản xuất giống cá tra, ứng dụng công nghệ cao ở những địa phương có nhiều thế mạnh về ngành này. Các nhà cung cấp thức ăn, thuốc thú y thủy sản cũng nên liên kết chặt hơn với doanh nghiệp chế biến và người nuôi cá để phân phối lợi nhuận hợp lý và chia sẻ rủi ro trong chuỗi sản xuất. Còn GS-TS Nguyễn Thanh Phương, Phó Hiệu trưởng Trường Đại học Cần Thơ cho biết, sản lượng cá tra bột toàn vùng ĐBSCL đã tăng vọt từ gần 500 triệu con vào năm 2000 lên hơn 30 tỉ cá tra bột hiện nay, trong khi đó sản lượng cá tra giống hiện nay chỉ hơn 2 tỉ con. Điều này cho thấy sản lượng cá bột tăng nhưng cá giống không tăng, hay nói cách khác là tỷ lệ sống trong quá trình ương nuôi cá tra giống đang giảm. Nguyên nhân dẫn đến tình trạng này, trước hết là do mật độ ương quá cao nên thức ăn tự nhiên ban đầu cho cá bột không đủ, môi trường ao ương không đảm bảo.
Có thể thấy, chất lượng cá tra giống là yếu tố quan trọng giúp giảm giá thành sản xuất, nâng cao chất lượng thịt, từ đó góp phần phát triển bền vững ngành cá tra. Nhưng lâu nay chưa được quan tâm đúng mức. Để giải quyết vấn đề này cần phải hoàn thiện quy trình kỹ thuật ương giống, nâng cao năng lực quản lý, cần có sự hỗ trợ tích cực từ ngành chức năng và sự liên kết giữa nông dân và nhà khoa học.
Năm 2016, kim ngạch xuất khẩu đạt 1,67 tỉ USD, tăng 6,6% so với năm 2015. Năm 2017, Bộ NN&PTNT dự báo thị trường cá tra sẽ tăng trưởng 10% và kim ngạch đạt hơn 1,7 tỉ USD. Hiện nay, nhiều nhà máy chế biến cá tra tại ĐBSCL đang thiếu nguyên liệu, nhiều nhà máy giảm công suất để chờ nguyên liệu.