Việc nuôi trồng thủy sản có giá trị kinh tế được chú trọng, xây dựng ngành thủy sản thành một ngành nghề sản xuất chính tạo ra sản phẩm hàng hóa, đáp ứng nhu cầu thị trường trong tỉnh và xuất khẩu, góp phần giải quyết việc làm, tăng thu nhập cho nhân dân.
Điểm mạnh của Sơn La là ngoài diện tích mặt nước rộng lớn của hồ thuỷ điện Hoà Bình và hồ thuỷ điện Sơn La, toàn tỉnh còn có trên 500ha diện tích mặt nước hồ chứa vừa và nhỏ, hơn 2.440 ha ao của các hộ gia đình và gần 5.000ha ruộng có thể kết hợp nuôi cá. Bên cạnh đó, nguồn nhân lực, cán bộ kỹ thuật có nhiều kinh nghiệm về nuôi trồng thuỷ sản, mạng lưới cung ứng cá giống và nguồn lương thực ngô, sắn, đậu tương rất phong phú phục vụ cho nuôi thuỷ sản theo hướng thâm canh. Đặc biệt là những định hướng phát triển thủy sản của tỉnh ta được chú trọng, nhất là việc triển khai Nghị quyết số 20-NQ/TU ngày 18-6-2007 của Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản đến năm 2015; các cấp, các ngành đã triển khai nhiều biện pháp phát triển thủy sản; tỷ trọng giá trị sản phẩm thủy sản trong ngành nông nghiệp được nâng lên; nhiều mô hình sản xuất kinh doanh nuôi trồng, khai thác thủy sản được hình thành, bước đầu mang lại hiệu quả kinh tế, góp phần xóa đói giảm nghèo và giải quyết việc làm, nhất là ở địa bàn nông thôn.
Để nuôi trồng và phát triển nguồn lợi thủy sản bền vững, Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh đã ban hành Nghị quyết về nuôi trồng và phát triển nguồn lợi thủy sản giai đoạn 2015 - 2020 với quan điểm: xây dựng ngành thủy sản thành một ngành nghề sản xuất chính tạo việc làm, tăng thu nhập, tạo ra sản phẩm hàng hóa; phát huy và khai thác tiềm năng, lợi thế đối với các hồ thuỷ điện, thủy lợi trên địa bàn toàn tỉnh. Đổi mới phương thức tổ chức sản xuất trong ngành thủy sản gắn với việc đào tạo nghề cho người dân theo hướng: Doanh nghiệp đầu tư cơ sở sản xuất, chế biến, tiêu thụ; người dân liên kết thành tổ hợp tác, hợp tác xã, để nuôi trồng, khai thác theo quy trình công nghệ tiên tiến. Kết hợp nuôi trồng, khai thác gắn với bảo vệ nguồn lợi lâu dài, bảo đảm đa dạng sinh học, bảo vệ môi trường sinh thái. Ưu tiên phát triển các loài thủy sản có lợi thế, giá trị kinh tế, có tiềm năng xuất khẩu cao như cá tầm, cá lăng, cá chiên, cá anh vũ, baba gai... Phấn đấu đến năm 2020 tỷ trọng ngành thủy sản trong cơ cấu ngành trong nông nghiệp đạt 7,5%; sản lượng thủy sản đạt 14.000 tấn; trong đó sản lượng nuôi trồng 11.400 tấn; sản lượng khai thác 3.000 tấn; sản lượng nuôi cá tầm đạt 2.000 - 3.000 tấn; sản lượng trứng cá tầm đạt 20 tấn; giải quyết việc làm cho 10.000 lao động.
Các giải pháp về nuôi trồng và phát triển nguồn lợi thủy sản giai đoạn 2015 - 2020 được tập trung triển khai đồng bộ, như: Tập trung tuyên truyền vận động các thành phần kinh tế khai thác triệt để tiềm năng, thế mạnh của tỉnh, tham gia nuôi trồng, bảo quản, chế biến thủy sản theo hướng thâm canh, ứng dụng các tiến bộ khoa học vào sản xuất tập trung theo chuỗi giá trị. Rà soát, điều chỉnh, bổ sung quy hoạch tổng thể phát triển thủy sản tỉnh Sơn La đến năm 2020, định hướng đến năm 2025 và các sản phẩm ngành cho phù hợp theo hướng sản xuất tập trung, phát triển các đối tượng nuôi phù hợp với thế mạnh của địa phương, có khả năng cạnh tranh cao, phù hợp với quy hoạch của tỉnh. Ban hành các cơ chế chính sách để phát triển thủy sản bền vững, gắn với các chương trình giải quyết việc làm, chương trình đào tạo nghề, chương trình tái định cư thủy điện Sơn La. Khuyến khích các hợp tác xã, tổ hợp tác, doanh nghiệp tổ chức, cá nhân đầu tư và ứng dụng công nghệ tiên tiến trong lĩnh vực thuỷ sản và bảo vệ môi trường, phát triển bền vững. Đặc biệt là sản xuất giống chất lượng cao, công nghệ nuôi, chế biến xuất khẩu... gắn với liên kết thị trường tiêu thụ sản phẩm bền vững. Kiện toàn, củng cố cơ quan quản lý Nhà nước về thủy sản đủ năng lực thực hiện nhiệm vụ nuôi trồng và phát triển nguồn lợi thủy sản trong giai đoạn mới. Đào tạo, bồi dưỡng nâng cao chất lượng nguồn nhân lực quản lý và phát triển thủy sản, tập trung đào tạo nghề cho nông dân tham gia nuôi trồng thủy sản, hướng dẫn tổ chức sản xuất cho các hộ dân theo hướng thâm canh nâng cao năng suất, chất lượng sản phẩm đáp ứng nhu cầu thị trường. Hình thành và phát triển nhà máy chế biến thủy sản phù hợp với điều kiện từng vùng gắn với phát triển vùng nguyên liệu đầu vào. Tiếp tục đầu tư các chương trình, dự án phụ trợ, trong đó ưu tiên đầu tư vào cảng cá, sản xuất giống thủy sản, vùng nuôi trồng thủy sản tập trung. Hình thành mạng lưới dịch vụ cung ứng con giống, thức ăn, thuốc thú y, thu mua sản phẩm... phục vụ phát triển thủy sản. Triển khai các hoạt động xúc tiến thương mại, mở rộng thị trường tiêu thụ sản phẩm thủy sản đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm và hướng tới thị trường xuất khẩu cá tầm. Xây dựng chương trình, tổ chức xúc tiến đầu tư, mời gọi các doanh nghiệp trong và ngoài tỉnh tham gia đầu tư nuôi, chế biến, tiêu thụ sản phẩm thủy sản. Trọng tâm là lòng hồ thủy điện Hòa Bình, thủy điện Sơn La, vùng có điều kiện phát triển các loại thủy sản có giá trị kinh tế cao, tiêu thụ ổn định. Nâng cao ý thức trách nhiệm của người quản lý, đồng thời tăng cường công tác kiểm tra, kiểm soát xử lý các sai phạm trong lĩnh vực thủy sản theo quy định của pháp luật...