Qua kết quả phân tích cho thấy, hiện độ mặn tại các vùng nuôi thuộc đầm Cù Mông và vịnh Xuân Đài (TX Sông Cầu) từ 32 đến 35‰, đầm Ô Loan (huyện Tuy An) ở mức 20 đến 27‰, vùng nuôi hạ lưu sông Bàn Thạch (huyện Đông Hòa) từ 13 đến 25‰, các vùng nuôi tôm trên cát ở huyện Đông Hòa từ 22 đến 34‰. Khu vực nuôi Phước Giang - Hòa Tâm và cầu Xác Cháy - Hòa Xuân Đông (huyện Đông Hòa) có độ kiềm dưới ngưỡng cho phép và dao động từ 70 đến 75ppm. Hàm lượng phosphat cao trên ngưỡng cho phép (gấp 1,25 đến 1,75 lần) được phát hiện ở các điểm Diêm Hội - An Hòa (Tuy An), Phước Long, Phước Giang, cầu Xác Cháy (huyện Đông Hòa).
Hàm lượng oxy hòa tan thấp so với ngưỡng cho phép được phát hiện tại 7 điểm thu mẫu, trong đó 2 điểm rất thấp là Diêm Hội và cầu Xác Cháy dưới 3,6mg/l và hàm lượng COD tại Diêm Hội vượt ngưỡng cho phép 1,2 lần. Ô nhiễm vi sinh đã phát hiện tại Hòa Lợi - Xuân Cảnh, Vũng Chào - Xuân Phương (TX Sông Cầu) và Phước Long - Hòa Tâm (Đông Hòa) với mật độ vibrio tổng số cao trên ngưỡng cho phép từ 1,03 đến 1,6 lần.
Theo ông Lê Quang Hiệp, Giám đốc Trung tâm Giống và kỹ thuật thủy sản Phú Yên, các hộ nuôi chuẩn bị thả giống đợt tiếp theo nên chọn con giống có chất lượng từ các công ty có uy tín trên thị trường, giống phải được kiểm dịch, đặc biệt phải xét nghiệm bệnh bằng phương pháp PCR để loại bỏ mầm bệnh từ nguồn giống. Các hộ nuôi cần cấp nước đầy ao hoặc ao lắng trong vòng 48 đến 72 giờ để vi sinh vật phát triển, sau đó mới xử lý bằng chlorine nhằm tiêu diệt triệt để vi sinh vật gây bệnh trên tôm trong giai đoạn đầu. Các hộ nuôi tôm cần xử lý nước định kỳ nhằm hạn chế vibrio phát triển, đồng thời cắt tảo định kỳ bằng thuốc BKC ở nồng độ nhẹ đối với những ao có tảo phát triển mạnh, nhằm hạn chế thiếu oxy vào lúc sáng sớm. Người nuôi cần tăng cường sử dụng vi sinh để xử lý môi trường nước ao nuôi nhằm phân hủy thức ăn thừa, phân tôm, xác tôm lột và tảo tàn, tăng cường sử dụng vôi khi trời mưa nhằm hạn chế sự biến đổi đột ngột các yếu tố môi trường nước. Kiểm soát chặt chẽ lượng thức ăn cho vật nuôi, tuyệt đối không cho ăn thừa, thức ăn không đạt chất lượng và cho ăn bổ sung vitamin C, khoáng vi lượng để tăng cường sức đề kháng cho vật nuôi. Người nuôi thủy sản lồng bè, cần quản lý lồng bè nuôi chặt chẽ hơn, thức ăn cho tôm, cá phải tươi và rửa sạch, xác tôm, cá chết, thức ăn thừa phải tiêu hủy hợp lý xa khu nuôi, mật độ lồng nuôi tôm hùm, cá biển nên giãn lồng theo quy định 60 đến 80 lồng/ha mặt nước, mỗi lồng nuôi khoảng 50 con tôm hùm ở thời kỳ trưởng thành.