Toàn tỉnh hiện có khoảng 17 cơ sở sản xuất giống thủy sản; trong đó 14 cơ sở sản xuất, kinh doanh giống thủy sản nước lợ, 3 cơ sở sản xuất kinh doanh giống nước ngọt. Năm 2015, các đơn vị này đã sản xuất và cung ứng trên 991 triệu con giống thủy sản tại chỗ (tăng 58% so với năm 2014), đáp ứng khoảng 30% nhu cầu giống trên địa bàn. Người nuôi thủy sản tại Quảng Ninh vẫn chủ yếu mua con giống từ các tỉnh ngoài và từ Trung Quốc. Đây là một khó khăn lớn làm ảnh hưởng tới hiệu quả nghề nuôido rất khó kiểm soát được chất lượng giống thủy sản và dịch bệnh. Hơn nữa, công tác quy hoạch vùng sản xuất giống thủy sản chưa được thực hiện, các cơ sở sản xuất giống được hình thành mang tính tự phát, đầu tư không đồng bộ nên thiếu bền vững.
Theo quyết định phê duyệt quy hoạch tổng thể ngành thủy sản Quảng Ninh, đến năm 2020, diện tích nuôi trồng thủy sản của tỉnh là 23.000 ha, sản lượng đạt 53.000 tấn. Do đó, nhu cầu giống cần có đến năm 2020 là 6 tỷ con. Để đạt được mục tiêu đề ra, UBND tỉnh Quảng Ninh đã ban hành quyết định số 3501/QĐ-UBND ngày 07/11/2011, phê duyệt Đề án phát triển giống thủy sản đến năm 2020 nhằm nâng cao năng lực sản xuất và cung ứng giống của các cơ sở sản xuất giống thủy sản trên địa bàn tỉnh, từng bước hoàn thiện công nghệ sản xuất giống thủy sản nước mặn, lợ và ngọt; Chủ động cung ứng đủ con giống thủy sản có chất lượng cao cho người nuôi, đáp ứng kịp thời vụ; Đa dạng giống loài nuôi, phục vụ tốt nhiệm vụ phát triển nuôi trồng thủy sản đạt hiệu quả kinh tế cao và bền vững. Mục tiêu cụ thể đến năm 2020, sản xuất và cung cấp 70-80% giống thủy sản nước mặn, lợ và 100% giống thủy sản nước ngọt phục vụ nhu cầu nuôi trên địa bàn tỉnh.
Để hiện thực hóa mục tiêu định hướng phát triển giống thủy sản đến năm 2020, trong năm 2015, Quảng Ninh đã triển khai đầu tư cơ sở hạ tầng vùng sản xuất giống nhuyễn thể Vân Đồn với quy mô 1,5 tỷ con giống sạch bệnh. Ngoài ra, tỉnh còn tạo nhiều ưu đãi nhằm thu hút các doanh nghiệp trong tỉnh và ngoài tỉnh đầu tư xây dựng các cơ sở sản xuất giống trên địa bàn, với điển hình là Công ty Nuôi trồng thủy sản Tân An (tại thị xã Quảng Yên). Riêng giống cá song, hai cơ sở sản xuất là Công ty CP Đầu tư và Phát triển thủy sản Bắc Việt (huyện Đầm Hà) và DNTN Phương Anh (TP Móng Cái) đã nhập và ương giống để cung ứng cho nhu cầu nuôi trên địa bàn tỉnh. Tại Tiên Yên, Tập đoàn Việt-Úc cũng đã triển khai dự án nuôi tôm siêu thâm canh trên diện tích gần 300 ha (huyện Đầm Hà) và dự án xây dựng trung tâm sản xuất tôm giống gần 130 ha, công suất khoảng 20 tỷ con giống/năm.
Trong thời gian tới, Quảng Ninh sẽ tiếp tục nghiên cứu nâng cao công nghệ về sản xuất giống, nâng cao kỹ thuật chọn tạo giống chất lượng và đẩy mạnh tiếp thu ứng dụng công nghệ tiến tiến trong sản xuất giống chất lượng cao. Tiếp tục nâng cấp, hoàn thiện các cơ sở sản xuất giống hiện có và xây dựng mới một số trung tâm sản xuất giống theo quy hoạch phát triển ngành. Tăng cường năng lực quản lý, kiểm soát chất lượng giống và dịch bệnh trong các khâu sản xuất, lưu thông và nhập khẩu giống về nuôi.