Những năm 90, khi vai trò mô hình Seaprodex nhạt nhòa dần, sự phát triển về chất của ngành thủy sản thực tế được quyết định bởi sự phối hợp chặt chẽ, chân thành giữa hai nhân tố mới là Trung tâm Kiểm tra Chất lượng và Vệ sinh Thủy sản (NAFIQACEN - NAFI) thuộc Bộ Thủy sản (tiền thân của Cục NAFIQAD thuộc Bộ NN&PTNT ngày nay) thành lập năm 1994 và Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) thành lập năm 1998.
Cũng do hoàn cảnh lịch sử, ngay từ ngày đầu thành lập, NAFI và VASEP đều nhận được sự hỗ trợ của các dự án của Đan Mạch, đặc biệt là Dự án Cải thiện Chất lượng và Xuất khẩu Thủy sản (SEAQIP). Dự án SEAQIP đã giúp hai tổ chức này hình thành, hoạt động và phát triển theo đẳng cấp quốc tế. Cũng chính SEAQIP đã giúp thiết lập sự hợp tác nhiều năm giữa VASEP và NAFI, tạo cơ sở ra đời mối duyên nợ gắn bó giữa hai tổ chức anh em nhà thủy sản vì sự nghiệp chung!
Hợp lực của hai tổ chức trụ cột này đã có vai trò quan trọng giúp ngành thủy sản hội tụ được sức mạnh của cộng đồng nông, ngư dân và DN, tạo nên thời kỳ phát triển rực rỡ 10 năm của ngành (1998-2008), với kim ngạch XK thủy sản tăng vọt gấp 5 lần, từ 817 triệu USD lên 4,5 tỷ USD, đưa Việt Nam lên nhóm các quốc gia sản xuất và XK thủy sản đứng đầu thế giới. Sự hợp lực đó đã tạo nên sự trưởng thành về chất của lực lượng sản xuất trong hầu hết các khâu quan trọng của chuỗi giá trị thủy sản, cũng như của đội ngũ quản lý về chất lượng, VSATTP. Minh chứng là Việt Nam đang có trên 400 nhà máy chế biến thủy sản đạt tiêu chuẩn EU, và ngày càng nhiều những vùng nuôi được chứng nhận ASC, GlobalG.A.P và BAP, cung cấp hàng thủy sản uy tín cho những thị trường đòi hỏi cao nhất là EU, Nhật, Hoa Kỳ và 140 quốc gia khác.
Nhưng khoảng 5 năm gần đây, cùng với sự phát triển không mấy thuận lợi của ngành, sự hợp tác và đồng hành của hai tổ chức đã có những biểu hiện thiếu mật thiết. Mâu thuẫn nẩy sinh từ sự kém đồng điệu trong tư duy và thiếu phối hợp trong hành động thực tế, từ đó hình thành những cách nghĩ khác nhau về quyền lợi giữa cán bộ quản lý Nhà nước và cộng đồng DN. Một số văn bản, động thái và hành vi quản lý khiến nhiều người mất lòng tin vào chủ đích hoạt động, tính minh bạch và công tâm của NAFIQAD; thậm chí phát sinh những nghi ngờ và căng thẳng đáng tiếc. Biểu hiện rõ nét, tập trung nhất là các cuộc tranh luận gay gắt xung quanh Thông tư 55/2011/ BNNPTNT và các dự thảo sửa đổi mà NAFIQAD đã và đang soạn thảo sau hơn 18 tháng kiên trì kiến nghị của VASEP.
VASEP vừa long trọng kỷ niệm 15 năm thành lập, còn NAFIQAD sắp bước sang tuổi 20, đã đủ trưởng thành. Để có thể phát triển bền vững ngành thủy sản, đã đến lúc cần phải xây dựng “lòng tin chiến lược” giữa cộng đồng DN với NAFIQAD và hệ thống các cơ quan Nhà nước, dựa trên mục tiêu chung và nhất quán về phương thức phối hợp.
Các giải pháp quản lý Nhà nước phải được xây dựng trên tinh thần thật sự đồng hành, hiểu biết, tin tưởng và chia sẻ khó khăn cùng DN, tạo thêm thuận lợi để DN nâng cao khả năng cạnh tranh, giảm các chi phí không cần thiết cho xã hội và nâng cao hiệu quả chung của toàn ngành.
Cộng đồng DN chân thành mong NAFIQAD tái lập được tín nhiệm với giới doanh nhân và nông ngư dân, không bằng những lời hứa bay bổng hay cách làm hình thức hào nhoáng, mà bằng các chính sách chuẩn mực, tiên tiến, được thực hiện nghiêm túc bởi đội ngũ cán bộ công vụ đủ năng lực, liêm khiết, có tấm lòng vì DN, vì dân, vì nước. Cộng đồng DN mà VASEP đại diện luôn trân trọng và biết ơn những công bộc của dân, phục vụ cho sự nghiệp nâng cao chất lượng thủy sản, đóng góp vào việc tận dụng mọi cơ hội để phát triển đất nước.